针对您提出的“耕地中非法打井怎么处罚”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。
首先，非法在耕地中打井可能涉及多个法律法规的违反，主要包括《水法》、《刑法》以及《土地管理法》等。这些法律法规对非法取水、破坏耕地等行为都有明确的处罚规定。
违反《水法》的处罚：
- 根据《水法》第四十八条，未经批准擅自取水的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期采取补救措施，并处二万元以上十万元以下的罚款。
- 在您提到的案例中，村民未经审批擅自打井取水，且长期开采，这明显违反了《水法》的相关规定，因此可能面临二万元以上十万元以下的罚款。
违反《刑法》的处罚：
- 如果非法打井行为情节严重，如无证开采持续时间长、规模扩大等，可能涉嫌非法采矿罪。根据《刑法》第三百四十三条，违反矿产资源法的规定，未取得采矿许可证擅自采矿，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 在您提到的案例中，村民无证开采地下水持续近五年且扩大规模，这有可能构成非法采矿罪，面临刑事处罚。
违反《土地管理法》的处罚：
- 根据《土地管理法》第三十七条，禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。非法打井导致耕地硬化、破坏农业生产条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 在具体案例中，如果打井行为导致耕地硬化损毁，那么相关责任人可能需要承担限期改正、治理以及罚款等责任。
地方性规定的考虑：
- 除了国家层面的法律法规外，不同地区可能还有地方性的规定。例如，您提到的案例中涉及到了《甘肃省水法实施办法》，该办法可能对地下水超采区擅自凿井等行为有更为具体的处罚规定。
综合处罚建议：
对于非法在耕地中打井的行为，相关部门可能会根据具体情况，综合运用上述法律法规进行处罚。这可能包括责令停止作业、拆除设备、恢复耕地并封闭水井；处以罚款；以及在情节严重的情况下，移送司法机关追究刑事责任。
实际案例处理：
在您提供的案例中，天水市水务局对麦积区甘泉镇屈家坪村民私自打井的问题进行了核查办理。经查，部分打井行为属于农户家用小电井，且年取水量少于2000立方米，按照相关规定不需要申请办理取水许可。然而，对于其他非法打井行为，相关部门已经采取了相应的处罚措施，并加强了取用水监管力度。
总结与建议：
非法在耕地中打井是严重的违法行为，可能涉及多个法律法规的违反。为了保护耕地资源和地下水资源，建议您在遇到类似情况时，及时向当地水行政主管部门或自然资源主管部门举报，并配合相关部门的调查和处理工作。同时，也建议您增强法律意识，遵守相关法律法规，共同维护良好的生态环境和社会秩序。