若发现违法占用耕地、破坏农田系统的农户存在保护伞，可采取以下措施来维护法律公正和社会公共利益：

1. 收集证据：

   • 详细记录违法占用耕地和破坏农田系统的行为，包括时间、地点、具体行为等。
   • 收集相关照片、视频、证人证言等证据，确保证据的真实性和完整性。
   • 若可能，获取官方文件或报告，如土地使用证、规划许可证等，以证明土地使用的合法性或违法性。

2. 向相关部门举报：

   • 向当地国土资源部门、农业部门或环保部门举报违法占用耕地和破坏农田系统的行为。
   • 提供所收集的证据，要求相关部门进行调查并依法处理。
   • 若相关部门未及时响应或处理不当，可向上级部门或政府信访部门进一步反映情况。

3. 寻求法律援助：

   • 若认为自身权益受到侵害，或发现保护伞行为涉及腐败等违法犯罪，可向当地法律援助机构申请法律援助。
   • 法律援助机构将指派律师提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助维护合法权益。

4. 利用媒体和公众监督：

   • 在确保不违反法律法规的前提下，可通过媒体曝光违法占用耕地和破坏农田系统的行为，以及存在的保护伞问题。
   • 公众监督可以形成压力，促使相关部门更加积极地履行职责，依法处理违法行为。

5. 参与或发起公益诉讼：

   • 若认为违法占用耕地和破坏农田系统的行为对公共利益造成了严重损害，可参与或发起公益诉讼。
   • 公益诉讼旨在维护社会公共利益，通过法律手段追究违法者的责任，并推动相关问题的解决。

在处理此类问题时，需注意以下几点：

• 保持冷静和理性，避免采取过激行为。
• 确保所提供的证据真实可靠，避免捏造或歪曲事实。
• 遵守法律法规，不得利用非法手段进行举报或维权。

若在处理过程中遇到困难或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。我将根据具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。