当劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，经济损失的赔偿在做工资时可以从劳动者本人的工资中扣除，但需遵循严格的法律规定和实操注意事项。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据与扣除限制
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除。
扣除限制：
- 比例限制：每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。例如，若劳动者月工资为5000元，则每月最多可扣除1000元作为赔偿。
- 最低工资保障：扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若扣除金额导致剩余工资低于该标准，则应按最低工资标准支付。假设当地月最低工资标准是2000元，那么即使劳动者需要赔偿的金额较大，用人单位也只能扣除到使劳动者工资剩余为2000元的程度。
二、实操注意事项
员工过错程度：
- 正常情况下，一般劳动者只应对其故意或者重大过失造成的经济损失承担赔偿责任。如其没有过失或者仅存在轻微过失，则无需赔偿。
单位监管是否存在过错：
- 如果用人单位有过错或违法以及未尽监管职责等，也会导致劳动者无须赔偿或者降低赔偿比例。例如，用人单位未提供必要的劳动保护或安全条件，导致劳动者在工作中造成损失，此时用人单位可能需承担部分或全部责任。
是否存在给公司造成实际、直接的经济损失：
- 劳动者赔偿用人单位经济损失应以对生产、经营和工作造成的直接经济损失为限。实践中，用人单位应及时固定造成经济损失的相关证据，否则其所称的损失金额往往会因缺乏相应依据而难以得到法院采信。
行为与损失的因果关系：
- 除证明员工存在过错、公司存在损失外，还需要证明经济损失与劳动者过错之间存在因果关系。即损失必须是由于劳动者过错导致的，才可以追究赔偿责任。
员工的收入水平高低：
- 员工的收入水平是决定赔偿的一个关键因素。在确定赔偿金额时，应考虑员工的实际承受能力，避免对其生活造成过大影响。
三、实操建议
提前约定合理分摊的规则：
- 不在格式化的前提下，经双方协商，协议约定员工同意企业对超过法律规定20%限制的以上部分全部抵扣，但需确保逐月抵扣下来不低于当地最低工资标准。员工应手写确认上述抵扣协议是本人真实意思的表述，不是在格式化的情形下签署的。
及时与劳动者面谈确认：
- 员工行为发生后，用人单位要第一时间与员工进行谈话，取得员工本人对其行为及损失认可方面的证据。这有助于在后续处理中明确责任和赔偿金额。
依法进行在职工资抵扣：
- 从员工工资中扣除损失时，应依法扣除，每月不能超过员工工资的20%。如当月无法抵扣完毕的，可以后逐月进行税后工资的抵扣。
合理进行离职抵扣：
- 如果员工离职时无法抵扣完毕的，可以要求员工另行赔偿。通常，劳动者故意造成用人单位损失的，主观恶意较大，可以考虑由劳动者全额予以赔偿；如果是因重大过失造成用人单位损失的，则可限额赔偿。
举例说明：
假设某劳动者月工资为6000元，因个人原因给用人单位造成了12000元的经济损失。根据法律规定，每月最多可扣除其工资的20%，即1200元。那么，用人单位可以在10个月内逐月扣除1200元作为赔偿，同时确保扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。如果当地月最低工资标准为2500元，那么每月扣除1200元后，劳动者剩余工资为4800元，高于最低工资标准，因此是合法的。
综上所述，当劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，经济损失的赔偿在做工资时可以从劳动者本人的工资中扣除，但需严格遵循法律规定和实操注意事项。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。