若公司已被税务机关明确标注为税收违法，需立即采取以下措施：

1. 核实违法事实与处罚依据
   首先，要求税务机关出具正式的《税务处理决定书》或《税务行政处罚决定书》，明确违法行为的性质（如偷税、漏税、虚开发票等）、具体金额、处罚依据（如《税收征收管理法》第63条）及整改要求。
   关键点：若对违法事实有异议，需在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院起诉，避免错过时效。

2. 分类处理违法行为

   • 非主观故意违法（如因财务疏忽导致少报税款）：
     可与税务机关协商补缴税款、滞纳金，并提交书面说明（如财务制度漏洞、人员培训不足等），争取从轻或免除罚款。
     
   • 主观故意违法（如伪造账簿、隐匿收入）：
     需立即停止违法行为，全额补缴税款及滞纳金，并主动配合税务机关调查。若涉及刑事风险（如逃税罪），需同步咨询刑事律师，评估是否构成犯罪及量刑范围。

3. 整改与合规建设

   • 修订财务制度，确保发票管理、纳税申报等环节合规；
     
   • 对涉事人员进行税务合规培训，避免再次发生同类问题；
     
   • 定期自查，保留整改记录，以备税务机关后续核查。

4. 信用修复与后续影响

   • 税收违法记录可能影响公司征信、招投标资格等，需在完成整改后，向税务机关申请出具《无重大税收违法记录证明》；
     
   • 若被列入“重大税收违法失信主体”，需满3年公示期且无新违法记录，方可申请提前移出。

风险提示：

• 拒不整改或情节严重者，可能面临罚款（最高为偷税金额5倍）、没收违法所得、停止出口退税权等处罚；
  
• 构成犯罪的（如逃税数额占应纳税额10%以上且超1万元），将移送公安机关追究刑事责任。

建议行动步骤：

1. 立即联系我，提供税务机关出具的文书及公司财务资料，我协助分析违法性质与法律风险；
   
2. 根据分析结果，制定补缴税款、申请复议或刑事辩护的具体方案；
   
3. 同步推进公司内部合规整改，降低后续风险。
   

若有进一步细节（如违法类型、金额、税务机关具体要求等），可直接告知，我将为你定制解决方案。