供应商若不服甲方扣除投标保证金，可采取以下措施来维护自身权益：
一、核查扣除依据与合同条款
审查合同条款：
- 首先，供应商应仔细审查与甲方签订的合同，特别是关于投标保证金扣除的条款。确认甲方扣除保证金的行为是否符合合同约定，包括扣除的条件、程序以及金额等。
- 若合同中有明确规定，且甲方的扣除行为符合合同约定，则供应商可能难以直接通过法律途径追回保证金。但即便如此，供应商仍有权要求甲方提供扣除保证金的详细依据和计算方式。
核查法律依据：
- 供应商应了解相关法律法规，如《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例等，确认甲方扣除保证金的行为是否违反了法律规定。
- 若甲方的扣除行为缺乏法律依据或违反了法律规定，供应商则有权通过法律途径维护自身权益。
二、与甲方协商解决
提出异议：
- 供应商在发现甲方扣除保证金的行为可能存在问题时，应及时向甲方提出书面异议，明确表达对扣除行为的不满和质疑。
- 异议中应详细阐述扣除行为不符合合同约定或法律规定的理由，并要求甲方重新审查扣除决定。
协商谈判：
- 在提出异议后，供应商可与甲方进行协商谈判，寻求双方都能接受的解决方案。
- 协商过程中，供应商应保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳，争取达成公平合理的协议。
三、通过法律途径解决
发送律师函：
- 若协商无果，供应商可委托律师向甲方发送律师函，正式提出法律诉求，要求甲方返还被扣除的保证金。
- 律师函应明确阐述甲方的违法行为、供应商的合法权益以及要求甲方承担的法律责任。
提起诉讼或仲裁：
- 若甲方仍拒绝返还保证金，供应商可向人民法院提起诉讼或根据合同约定向仲裁机构申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，供应商应提供充分的证据证明甲方的扣除行为违法或违约，并要求甲方承担返还保证金、赔偿损失等法律责任。
四、注意事项与后续行动
保留证据：
- 供应商在采取任何行动前，都应确保保留好与投标保证金相关的所有证据，包括合同、投标文件、付款凭证、扣除通知等。
- 这些证据将在后续协商、诉讼或仲裁过程中发挥关键作用。
关注时效：
- 供应商应注意法律诉讼或仲裁的时效问题，确保在法定时效内提起诉讼或申请仲裁。
- 逾期将可能导致供应商丧失通过法律途径维护自身权益的机会。
寻求专业支持：
- 在整个过程中，供应商可寻求专业律师的支持和指导，以确保自身权益得到充分维护。
- 律师将提供法律咨询、代理诉讼或仲裁等服务，帮助供应商应对复杂的法律问题。
若供应商在处理此类纠纷时遇到任何困难或疑问，可直接向我咨询。我将根据具体情况提供详细的法律建议和解决方案。