共同犯罪案件中，被告人一般不分别开庭审理，但存在特殊情况可以分别处理。以下是对此问题的详细分析：
一、共同犯罪案件的一般审理原则
在共同犯罪案件中，如果两个或以上的人共同实施了犯罪行为，则他们被视为同案犯。根据司法实践和效率原则，为节省司法资源，同案犯一般不分开审理，而是合并起诉、合并审理。在法庭审理的调查阶段，法院会依次对每个被告人进行调查，并在调查完毕后对所有被告人的供述进行核实。这一过程虽然包含了对被告人的分别调查，但仍然属于一个审理程序，法院也会在同一判决书中对所有被告人一并进行判决。
二、共同犯罪案件的特殊审理情况
尽管共同犯罪案件一般合并审理，但也存在特殊情况可以分别处理：
另案处理：
- 根据案情需要，公安机关或检察院可以将其中的同案犯作另案处理。这通常发生在案件复杂、涉及多个犯罪事实或被告人之间存在明显差异的情况下。
- 另案处理并不意味着分别开庭，而是指将部分被告人从原案件中分离出来，单独进行侦查、起诉和审判。但实际操作中，另案处理可能涉及分别开庭的情况，尤其是当另案处理的被告人与其他被告人之间的犯罪事实关联不大时。
庭审中的分别质证：
- 在庭审过程中，对某些证据的质证可以将其中一被告或者多个被告退庭候审，而逐一质证。这种做法主要是为了确保质证的公正性和有效性，避免被告人之间的相互影响。
- 然而，这种分别质证并不等同于分别开庭。它仍然是在同一个审理程序中进行的，只是对证据的质证方式进行了调整。
三、法律建议与注意事项
尊重司法程序：
- 无论是合并审理还是分别处理，都应尊重司法程序的规定。被告人及其辩护人应积极配合法院的审理工作，确保案件的公正、高效处理。
充分行使辩护权：
- 在共同犯罪案件中，被告人应充分行使自己的辩护权，包括申请回避、提出证据、进行质证和辩论等。这有助于维护被告人的合法权益，确保案件的公正审判。
关注案件进展：
- 被告人及其家属应密切关注案件的进展情况，及时了解法院的审理动态和判决结果。如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的权益。
如有任何关于共同犯罪案件审理的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。