第三方协议主要保护的是协议中明确约定的各方主体的权益，这些主体通常包括协议的直接签订方以及协议中明确涉及的第三方。以下从不同角度为你详细分析：

一、从合同法角度

1. 协议各方主体：第三方协议一旦满足合同成立与生效的条件，如主体合格、内容合法、意思表示真实等，就具备法律效力。协议的各方应当依照约定去履行自己的义务，同时也享有相应的权利。例如，在债务承担的第三方协议里，如果约定由第三方来承担债务，只要符合法定的要求，债权人就可以要求第三方按照约定去履行，债务人则可能因此免除或部分免除债务，这体现了对债权人和债务人（在符合约定条件下）权益的保护。

2. 第三方权益：如果第三方协议中明确约定了第三方的权利和义务，那么该第三方也受协议保护。例如，在某些合作协议中，第三方可能作为合作的一方，享有特定的合作权益，如收益分配权、知情权等，同时也需承担相应的合作义务。

二、从协议内容角度

1. 特定权益保护：第三方协议可能涉及特定的权益保护条款。例如，在知识产权许可协议中，第三方可能作为被许可方，享有使用特定知识产权的权利，同时需遵守许可协议中的使用限制和保密义务等。这种协议明确保护了被许可方的使用权权益，同时也对许可方的知识产权进行了保护。

2. 违约责任与救济：第三方协议中通常会约定违约责任和救济条款。如果一方违约，受损方有权依据协议要求违约方承担违约责任，如继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。这既保护了受损方的权益，也对违约方形成了一定的约束。

三、从特殊类型第三方协议角度

1. 劳动法保护下的第三方合同：在劳动法体系中，第三方合同（如劳务派遣合同）也受到保护。劳动者与劳务派遣单位签订合同后，被派遣到用工单位工作。劳务派遣单位需履行劳动法规定的义务，如按时足额支付工资、提供劳动安全卫生条件等；用工单位也需承担相应义务，如提供必要的劳动条件、保障劳动者合法权益等。这种协议保护了劳动者的权益，同时也对劳务派遣单位和用工单位的义务进行了明确。

四、注意事项

1. 协议效力：虽然第三方协议通常受法律保护，但如果协议存在欺诈、胁迫、恶意串通损害他人利益或者以合法形式掩盖非法目的等法定的无效情形，那么就不会受到法律的保护。

2. 可撤销事由：如果协议内容存在可撤销的事由，如重大误解、显失公平等，受到损害的一方有权请求法院或者仲裁机构撤销该协议。

建议：在签订第三方协议时，务必确保协议内容合法、明确，并充分考虑各方的权益和义务。如果对协议内容有疑问或不确定，可以向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。