以租代购公司规定“有逾期就没收保证金”是否合理，需结合合同条款、法律规定及公平原则综合判断，不能一概而论。具体分析如下：

1. 合同自由原则：若双方明确约定，一般有效

根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，双方应按约定履行义务。若租赁合同中明确写明“逾期支付租金时，公司有权没收保证金”，且该条款未违反法律强制性规定（如未免除自身责任、加重对方责任等），则该条款原则上有效。
但需注意：若保证金金额过高（如远超实际损失），可能因显失公平被法院调整。

2. 法律限制：保证金性质决定处理方式

保证金通常分为两种性质：

• 履约保证金：用于担保合同履行，若承租人违约（如逾期），公司可按约定扣除部分或全部保证金，但扣除金额应与实际损失相当。
  
• 定金性质保证金：若合同明确约定为“定金”，则适用《民法典》第五百八十七条，逾期方违约时，公司可没收定金；但定金金额不得超过主合同标的额的20%，超出部分无效。
  

若合同未明确保证金性质，公司直接没收全部保证金可能缺乏法律依据，需举证证明实际损失。

3. 公平性审查：条款是否显失公平

即使合同有约定，若条款明显偏向公司（如逾期1天就没收全部保证金，而公司损失仅几百元），可能因《民法典》第四百九十七条“显失公平”被认定无效。此时，承租人可主张调整或撤销条款。

4. 操作建议

• 承租人：签订合同前仔细阅读条款，要求明确保证金性质及扣除规则；若已签约，逾期后及时沟通，避免单方没收。
  
• 公司：应合理设定保证金金额（如不超过3个月租金），并在合同中明确扣除条件（如逾期天数、损失计算方式），避免因条款模糊引发纠纷。

如有具体合同条款或纠纷，可直接提供细节，我会进一步分析。