已经毕业的学生若发现在校期间存在违法犯罪行为，其毕业证书是否会被撤销，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：
学校规章制度的角度：
- 大多数高校的学生管理规章制度中，对于在校期间涉嫌犯罪的学生，通常会采取取消学习资格（即开除学籍）的措施。一旦学生被开除学籍，其学历和学籍自然终止，相应的，也无法再持有或领取毕业证书。
- 但这一规定主要针对的是在校期间被发现并确认有犯罪行为的学生。对于已经毕业的学生，学校可能不再直接撤销其毕业证书，但可能会根据具体情况，如犯罪行为的严重性、对学校声誉的影响等，采取其他措施，如公开谴责、取消优秀毕业生称号等。
法律规定的角度：
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。这意味着，对于未成年时期的犯罪记录，法律上有一定的保护措施，不会随意公开或用于非司法目的。
- 然而，这一规定并不直接涉及毕业证书的撤销问题。它更多地是关于犯罪记录的保密和使用限制。
- 对于已经成年且在校期间犯罪的学生，如果其犯罪行为被依法追究并确认，虽然法律没有直接规定可以撤销其毕业证书，但学校可能根据内部规章制度或教育行政部门的指导，采取相应的处理措施。
实际操作的角度：
- 在实际操作中，学校对于已经毕业的学生发现其在校期间存在违法犯罪行为的情况，可能会进行内部调查，并根据调查结果和学校规章制度来决定是否采取进一步措施。
- 如果学生的犯罪行为严重损害了学校的声誉或违反了学校的核心价值观，学校可能会考虑通过公开声明、取消相关荣誉或资格等方式来维护自身形象。但直接撤销毕业证书的情况相对较少，因为这涉及到学生的学历认证和就业前景等重大问题。
建议与后果：
- 对于已经毕业的学生来说，如果发现在校期间存在违法犯罪行为，应主动向学校或相关部门说明情况，并承担相应的法律责任。
- 隐瞒或逃避责任可能会带来更严重的后果，包括但不限于法律追究、学校处分以及社会声誉的损害。
- 如果学校决定采取进一步措施，学生应积极配合调查和处理，并寻求法律援助或咨询专业律师以维护自身权益。
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