针对村集体与自然社之间的土地争议，这是一个涉及多方权益和法律规定的复杂问题。为了妥善解决这类争议，我们可以从以下几个方面入手：
一、协商解决（首选途径）
双方直接沟通：
- 村集体和自然社应首先尝试通过友好协商的方式解决分歧。双方可以明确各自的权益主张和争议焦点，如土地的使用权、管理权或收益分配等。
- 在协商过程中，双方应秉持平等、自愿的原则，探讨可能的解决方案，如调整土地使用范围、明确管理责任或重新分配收益等。
邀请第三方调解：
- 若直接协商未果，双方可以邀请村民委员会、乡（镇）人民政府或当地有威望的人士作为中介进行调解。
- 调解过程中，第三方应充分听取双方意见，依据相关法律法规、政策及当地风俗习惯，提出公平合理的调解方案。
二、行政处理
向政府相关部门申请确权：
- 当事人可以向县级以上人民政府自然资源主管部门提出土地权属争议调查处理申请。
- 申请时，应提交相关证据材料，如土地使用权证、承包合同、历史记录等，以证明自己的权益主张。
政府裁决：
- 政府部门在收到申请后，将依法进行审查，并根据调查结果作出处理决定。
- 处理决定具有法律效力，双方应遵守并执行。若对处理决定不服，可以在法定期限内向人民法院提起行政诉讼。
三、仲裁或诉讼解决
仲裁解决（针对特定类型纠纷）：
- 对于农村土地承包经营方面的纠纷，当事人可以向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。
- 仲裁机构将按照法定程序进行审理，并作出具有法律约束力的仲裁裁决。
诉讼解决（终极方式）：
- 若其他方式均无法有效解决纠纷，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 在提起诉讼前，应确保已尝试过协商、调解等非诉讼方式。诉讼过程中，当事人需提交起诉状，阐述纠纷事实、诉求及相关证据等。
- 法院将依法审理案件，并作出判决。对于土地权属争议等特定类型的纠纷，当事人对政府确权结果不服的，还可通过行政诉讼来解决。
四、注意事项
保留证据：
- 在处理土地争议时，证据的收集和保存至关重要。双方应妥善保管土地使用权证、承包合同、历史记录、证人证言等相关证据。
遵守法律法规：
- 双方应增强法律意识，了解相关法律法规和政策规定。在争议处理过程中，应遵守法律法规，不得采取过激行为或非法手段来维护权益。
及时寻求专业帮助：
- 如有需要，双方可以咨询律师或法律援助机构的专业人士，以获取更专业的法律建议和帮助。
综上所述，村集体与自然社之间的土地争议可以通过协商、行政处理、仲裁或诉讼等多种方式来解决。在处理过程中，双方应秉持平等、自愿的原则，尊重法律、法规和村规民约，共同推动争议得到妥善解决。