结论前置：
- 若差额极小且债权人认可，法院通常不会强制执行；
- 若债权人坚持追偿差额，且差额符合立案标准，法院可能强制执行；
- 若差额存在争议，需通过诉讼或协商解决。
详细分析：
1. 差额极小且债权人认可的情况
若债务人已偿还98元，仅差极小金额（如几元或几十元），且债权人明确表示放弃追偿剩余部分，则双方债权债务关系已实际消灭。此时，债权人无权再向法院申请强制执行，法院也不会主动介入此类微小差额的纠纷。
法律依据：
- 《民法典》第五百五十七条规定，有下列情形之一的，债权债务终止：……（六）债权债务同归于一人；（七）法律规定或者当事人约定终止的其他情形。在此情况下，债权人放弃追偿剩余债务，可视为“当事人约定终止”的情形之一。
2. 债权人坚持追偿差额，且差额符合立案标准的情况
若债权人认为差额虽小，但仍坚持要求债务人偿还，并已向法院提起诉讼或申请强制执行，且差额金额达到法院立案标准（通常为几百元以上，具体标准因地区而异），则法院可能受理并启动强制执行程序。
法律依据：
- 《民事诉讼法》第二百四十三条规定，发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。
- 实践操作：在实际操作中，法院对于小额债务的执行可能更为灵活，但若债权人坚持并符合立案条件，法院仍会依法处理。
3. 差额存在争议的情况
若债务人主张已全额偿还，但债权人认为仍有差额未还，且双方无法协商一致，则需通过诉讼程序解决争议。在此情况下，法院将根据双方提供的证据（如转账记录、收条等）进行审理，并作出判决。若判决债务人仍需偿还差额，则债务人需履行判决义务，否则债权人可申请强制执行。
法律依据：
- 《民事诉讼法》第六十七条规定，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
- 诉讼流程：债权人需向法院提起诉讼，提交相关证据材料；法院受理后，将组织双方进行庭审；庭审结束后，法院将作出判决；若债务人未履行判决义务，债权人可申请强制执行。
法律建议：
- 协商解决：若差额确实极小，建议债务人与债权人进行友好协商，争取达成和解，避免不必要的法律纠纷。
- 保留证据：无论差额大小，债务人都应保留好还款凭证（如转账记录、收条等），以备不时之需。
- 及时应诉：若债权人已提起诉讼或申请强制执行，债务人应及时应诉，并提交相关证据材料，以维护自身合法权益。
总结：债务人已还98元，仅差极小金额时，法院是否强制执行取决于债权人的态度及差额金额是否符合立案标准。若债权人认可差额并放弃追偿，则法院不会强制执行；若债权人坚持追偿且符合立案条件，则法院可能强制执行。在差额存在争议的情况下，需通过诉讼程序解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。