三方协议中单位联系人填写部门经理通常是有效的，但具体效力需结合协议内容、签署程序及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 协议效力与联系人身份的关系

• 法律未强制要求联系人身份：我国《民法典》及相关合同法规未规定三方协议中联系人必须为法定代表人或特定职位人员。只要联系人具备民事行为能力，且其代表单位签署或确认协议的行为符合单位内部规定（如授权委托），协议即对单位产生法律效力。
• 部门经理的权限：若部门经理被单位明确授权（如书面委托书、公司章程或内部制度规定其可代表单位处理合同事务），则其作为联系人签署或确认协议的行为有效。即使未明确授权，若单位事后追认（如履行协议义务、出具确认函），协议仍有效。

2. 需注意的潜在风险

• 表见代理风险：若部门经理无明确授权，但相对方（如另一方协议方）有理由相信其有代理权（如长期代表单位处理类似事务），可能构成表见代理，单位仍需承担协议责任。但单位可事后向部门经理追偿。
• 内部管理风险：若单位内部规定部门经理无权代表单位签署协议，且未向相对方披露，可能因内部管理问题导致协议效力争议。建议单位在协议中明确联系人权限，或要求加盖公章确认。

3. 实务建议

• 明确联系人权限：在协议中注明联系人的身份、权限范围（如“仅负责沟通，无签署权”或“可代表单位确认协议内容”），避免歧义。
• 要求单位盖章或授权文件：为确保协议效力，可要求单位在协议上加盖公章，或提供部门经理的授权委托书作为附件。
• 保留沟通记录：若通过部门经理沟通协议事宜，建议保留书面沟通记录（如邮件、微信），证明单位对协议内容的知情与认可。

4. 特殊情况处理

• 若部门经理越权签署：单位可主张协议对其不生效，但需承担举证责任（如证明相对方明知部门经理无权）。若单位未及时提出异议且继续履行协议，可能被视为追认。
• 若联系人信息错误：如部门经理已离职或职位变更，建议及时通知相对方更新信息，避免因信息滞后导致履行障碍。

总结：部门经理作为三方协议联系人通常有效，但为降低风险，建议明确其权限、要求单位确认，并保留沟通记录。若您遇到具体协议纠纷，可提供协议文本及背景信息，我将进一步为您分析。