法人股东全部变更时，并不必然需要查账，但在特定情况下，税务机关或相关部门可能会要求进行查账。以下是对这一问题的详细分析：
一、通常情况无需查账
法人股东的全部变更，本质上属于公司工商登记事项的变更，主要涉及法定代表人、股东姓名或名称、股权比例等内容的更新。在办理工商变更登记时，工商行政管理部门主要审核提交材料的完整性、合法性，通常不会要求查账。同样，税务部门在办理税务登记信息变更时，也一般不会主动要求查账，除非存在特定的触发条件。
二、可能触发查账的情形
涉及税务风险：
- 如果公司在变更过程中存在税务异常情况，如长期零申报、拖欠税款、税务报表与实际经营严重不符等，税务机关可能会对公司进行查账，以核实企业的税务合规性。
股权转让涉及税务问题：
- 当法人股东变更涉及股权转让时，特别是股权转让价格明显偏低且无正当理由，税务机关可能会对股权转让行为进行核实，以确定是否存在逃避缴纳个人所得税或企业所得税的行为。根据相关规定，税务机关有权核定股权转让收入，并对企业账目进行检查。
内部纠纷或潜在风险：
- 公司内部存在纠纷，或有潜在风险可能影响法人股东变更的合法性、稳定性时，相关部门（如工商部门、税务部门或法院）可能查账，以理清财务关系，防止利益受损或违法行为。例如，若变更过程中被举报存在税务违法行为，税务机关也可能会对公司进行查账。
特殊行业或重点监管企业：
- 对于金融、房地产等特殊行业，以及税务机关的重点监管对象，或存在重大税务违法违规记录的企业，在进行法人股东变更时，税务机关可能会出于监管需要进行查账。
三、法律建议与操作指南
确保合规性：
- 在进行法人股东变更前，公司应确保所有税务事项均已妥善处理，避免存在税务异常情况。同时，应确保股权转让价格合理，避免被税务机关认定为价格明显偏低且无正当理由。
咨询当地政策：
- 不同地区的税务机关对于法人股东变更的管理和要求可能存在差异。因此，在进行相关变更前，建议公司咨询当地的税务机关或专业律师（如我），了解具体的政策要求和操作流程。
准备充分材料：
- 在办理工商变更登记和税务登记信息变更时，公司应准备充分的材料，包括股东会决议、新老股东及法人身份证明、公司章程修正案等。确保材料的完整性和合法性，以减少被查账的风险。
保持与税务机关的沟通：
- 在变更过程中，公司应保持与税务机关的良好沟通，及时了解最新的政策动态和要求。这有助于降低税务风险，确保变更过程的顺利进行。
总结来说，法人股东全部变更时并不必然需要查账，但公司必须谨慎处理相关变更事宜，确保符合相关法规和政策要求。特别是在涉及股权转让、资产重组等重大事项时，应更加注意潜在的税务风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。