结论：在以个人名义签订商铺租赁合同后注册了公司，发生房屋漏水纠纷时，究竟以个人名义还是公司名义进行维权或承担责任，需根据具体情况来判断，主要包括合同相对性原则、公司是否实际使用房屋以及漏水原因和责任归属等因素。
分析：
合同相对性原则：
- 商铺租赁合同是您以个人名义签订的，根据合同相对性原则，合同的权利和义务原则上仅约束合同双方，即您和出租方。
- 如果房屋漏水是由于出租方未履行维修义务或其他违约行为导致的，您作为合同的一方，有权依据合同条款要求出租方承担责任。
公司是否实际使用房屋：
- 如果您注册公司后，公司实际使用了该商铺进行经营活动，并且漏水问题影响了公司的正常运营，那么公司也可能成为利益相关方。
- 在这种情况下，虽然合同是您个人签订的，但公司可能因实际使用房屋而享有某种程度的权益，或者需要承担因漏水导致的部分损失（如果漏水是由于公司使用不当造成的）。然而，这并不意味着公司自动成为合同的一方，除非合同中有明确约定或事后双方有补充协议。
漏水原因和责任归属：
- 漏水的原因可能多种多样，包括但不限于房屋结构问题、管道老化、第三方破坏等。
- 如果漏水是由于房屋本身的质量问题或出租方未履行维修义务导致的，那么责任应归咎于出租方。
- 如果漏水是由于您或公司使用不当（如擅自改动房屋结构、未合理使用设施等）造成的，那么您或公司可能需要承担相应的责任。
建议：
- 明确责任主体：首先，需要查明漏水的原因和责任归属。如果是出租方的问题，您作为合同一方有权要求其承担责任；如果是您或公司的问题，则需要自行承担或协商解决。
- 考虑合同条款：仔细审查租赁合同中的相关条款，特别是关于维修责任、损失赔偿等方面的约定。这些条款将直接影响您维权或承担责任的依据和范围。
- 协商与诉讼：在明确责任主体和合同条款后，您可以尝试与出租方进行协商，寻求和解或赔偿方案。如果协商无果，您可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁。
- 公司参与问题：如果公司实际使用了房屋并因此遭受了损失，您可以考虑将公司作为利益相关方纳入维权过程。但需要注意的是，除非合同中有明确约定或事后双方有补充协议，否则公司一般不直接成为合同的一方。在这种情况下，您可能需要以个人名义进行维权，并在必要时将公司遭受的损失作为索赔的一部分。
后续思考依据：
- 在处理此类纠纷时，应充分考虑合同相对性原则、实际使用情况以及漏水原因和责任归属等因素。
- 必要时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。如果有任何法律问题，可以直接向我提问，我会结合您具体情况给出更详细的解答。