法院认定公司股东出资主要依据股东是否按照公司章程和法律规定实际投入应缴的出资额，且这些出资必须真实、合法、有效。具体来说，法院会从以下几个方面进行综合判断：
一、出资的标的物
货币出资：
- 股东以货币出资时，需按照公司章程规定的时间、金额将货币足额存入公司在银行开设的账户。银行进账单、对账单等是出资到位的直接证据。例如，若股东A按章程约定转账100万元至公司账户，并有银行出具的进账单证明，即视为完成货币出资。
非货币财产出资：
- 可用于出资的非货币财产包括实物、知识产权、土地使用权等可用货币估价并依法转让的财产。
- 非货币财产需经专业评估机构评估作价，确保价值公允。例如，股东B以一项专利技术出资，需有资产评估报告确定其价值为50万元。
- 以非货币财产出资需办理产权转移手续，如不动产需过户登记，动产需交付，知识产权需权利变更登记。
二、出资的时间
- 公司章程会明确规定股东的出资时间，分为一次性出资和分期出资两种。
- 股东需严格按照章程规定的时间和金额履行出资义务，否则构成出资违约。例如，若章程规定股东C应在公司成立后一年内分期缴清出资，则C需按期缴纳每期约定的出资额。
三、出资的程序
股东协议与公司章程：
- 股东的出资方式、时间、金额等会在股东协议和公司章程中明确。
- 股东出资行为需符合这些约定，违反者可被追究违约责任。
验资（特定情况）：
- 虽一般公司设立不再强制验资，但募集设立的股份有限公司等特定情况下仍需验资报告作为出资证明。验资报告由专业验资机构出具，证明股东已按章程规定实际缴纳相应出资额。
四、出资的真实性和合法性
- 真实性：股东出资必须真实，无虚假出资。例如，虚构非货币财产或虚报出资金额均属虚假出资，法院在认定时会严格审查相关证据。
- 合法性：出资财产需为股东合法拥有，且出资行为不违反法律法规。例如，不能以违法所得财产出资，出资财产需无权利瑕疵。
五、公司的认可和记载
- 公司出具的出资证明书是实缴出资的书面凭证，记载股东姓名或名称、缴纳出资额和出资日期等。
- 股东名册记载公司置备的股东名册中对股东实缴出资情况有记录。
- 工商登记信息具有公示效力，可作为认定股东实缴出资的参考。
六、综合审查与证据链形成
- 在纠纷中，法院会综合审查上述各方面的证据，形成完整的证据链，以准确认定股东是否实缴出资。例如，若股东D提供了银行转账记录、验资报告、公司出具的出资证明书以及股东名册记载等证据，且这些证据相互印证，则法院会认定D已实缴出资。
建议：
- 股东在出资时应严格按照公司章程和法律规定履行出资义务，确保出资的真实性和合法性。
- 保留好相关出资凭证和证据，如银行转账记录、验资报告、出资证明书等，以备不时之需。
- 若遇到出资纠纷或相关法律问题，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。