亲子鉴定中，如果六个基因座不匹配，那么亲权指数将小于0.0001，根据标准，将100%排除亲子关系。具体分析如下：

一. 亲子鉴定结果的核心判断标准

1. 亲权指数与累积亲权概率：亲权概率是判断亲子关系的重要依据。根据中华人民共和国国家标准《亲权鉴定技术规范》，以及亲子鉴定报告的核心判断标准：

    - 当累积亲权指数大于10000时，支持存在亲子关系。
    - 当累积亲权指数小于0.0001时，排除亲子关系。
    - 若3个及以上位点不符，则100%排除亲子关系。
   

2. 基因位点对比：基因位点不匹配的数量直接关系到亲权指数的判定。在您的情况中，有六个基因座不匹配，这远超过了三个位点的标准。

二. 结论的推导

• 既然六个基因座不匹配，根据亲子鉴定的标准，这足以构成排除亲子关系的充分条件。
• 因此，在这种情况下，亲权指数将小于0.0001，即100%排除亲子关系。

三. 实际应用中的考虑

• 在实际应用中，如果亲子鉴定报告中出现六个基因座不匹配的情况，鉴定机构会明确在报告中指出排除亲子关系。
• 这种情况下的结论是非常明确的，不需要进一步的检测或复核。

综上所述，亲子鉴定中如果六个基因座不匹配，亲权指数将小于0.0001，根据标准，将100%排除亲子关系。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时告诉我。