结论：给别人担保过但对方没还上，跨行是否会扣款取决于多个因素，包括担保合同的具体条款、债权人的追偿方式以及相关法律法规的规定。一般情况下，单纯的担保行为本身不会直接导致跨行扣款，但如果债权人通过法律途径追偿并获得了相关执行依据，则有可能通过法院执行程序实现跨行扣款。
一、担保合同与债权人的权利
担保合同的性质：担保合同是担保人与债权人之间订立的，约定当债务人不履行债务时，担保人按照约定履行债务或者承担责任的合同。担保人承担的责任取决于担保合同的约定，可能是连带责任保证，也可能是一般保证。
债权人的追偿权：在债务人未履行债务的情况下，债权人有权要求担保人按照担保合同的约定承担责任。这种追偿权可以通过协商、诉讼或仲裁等方式实现。
二、跨行扣款的可能性与条件
法律程序的要求：单纯的担保行为本身并不会直接导致跨行扣款。如果债权人希望通过跨行扣款的方式实现债权，通常需要先通过法律途径（如诉讼或仲裁）获得对担保人的执行依据（如判决书、调解书或仲裁裁决书）。
法院执行程序：在获得执行依据后，债权人可以向法院申请强制执行。法院在执行过程中，有权查询、冻结、划拨被执行人（包括担保人）在金融机构的存款。这种情况下，如果担保人在其他银行有存款，且该存款属于可执行范围，法院有可能通过跨行扣款的方式实现债权。
担保合同的特别约定：如果担保合同中明确约定了债权人可以直接从担保人的其他银行账户中扣款，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么在债务人未履行债务的情况下，债权人有可能依据合同约定实现跨行扣款。但这种情况较为少见，且需要严格的合同条款支持。
三、法律建议与风险提示
审查担保合同：作为担保人，在签署担保合同前应仔细审查合同条款，特别是关于责任范围、追偿方式以及可能涉及的跨行扣款等条款。确保自己充分理解并同意合同内容。
关注债务人履约情况：作为担保人，应密切关注债务人的履约情况。一旦发现债务人可能无法履行债务，应及时与债权人沟通并采取相应措施，以避免自己承担不必要的责任。
寻求法律帮助：如果因担保行为而面临法律纠纷或执行程序，建议及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和辩护策略，帮助您维护自己的合法权益。
举例说明：假设您为朋友A的贷款提供了连带责任保证。后来A未能按时还款，银行作为债权人向您追偿。如果银行通过诉讼获得了对您执行判决，并在执行过程中发现您在其他银行有存款，那么法院有可能根据判决结果划拨您在其他银行的存款以偿还A的债务。这种情况下就发生了跨行扣款。
总结：给别人担保过但对方没还上，跨行是否会扣款并不是一个简单的“是”或“否”的问题。它取决于担保合同的具体条款、债权人的追偿方式以及相关法律法规的规定。如果您作为担保人面临此类情况，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。