在机动车与非机动车事故中，若对方主责、我方次责，且总赔付金额为三千元，赔偿的分配需依据双方责任比例来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、赔偿比例的一般原则

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条的规定，机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故时，赔偿比例的划分主要依据双方的过错程度。一般原则下，机动车承担主要责任时，赔偿比例通常在70%至80%之间；非机动车承担次要责任时，则相应承担20%至30%的损失。但这一比例并非绝对，可能因地区差异、具体案情等因素有所调整。

二、赔偿比例的具体划分

1. 若采用8:2比例划分：

   • 机动车方（对方）承担80%的赔偿责任，即3000元×80%=2400元。
   • 非机动车方（我方）承担20%的赔偿责任，即3000元×20%=600元。

2. 若采用7:3比例划分：

   • 机动车方（对方）承担70%的赔偿责任，即3000元×70%=2100元。
   • 非机动车方（我方）承担30%的赔偿责任，即3000元×30%=900元。

三、赔偿流程与注意事项

• 赔偿流程：首先由机动车所投保的交强险在责任限额范围内进行赔付。若交强险赔付后仍有不足部分，则按照双方责任比例进行分担。
• 注意事项：
  • 在实际赔偿过程中，需提供相关证据证明损失情况，如医疗票据、误工证明等，以确保赔偿合理、准确。
  • 各方应遵循法定程序进行理赔，维护自身合法权益。若对赔偿比例或金额有异议，可通过协商、调解或诉讼等方式解决。

四、特殊情况的考量

• 非机动车一方弱势程度：如老年人、儿童、残疾人等弱势群体在事故中受伤时，法院可能会适当增加机动车一方的赔偿比例。
• 事故发生的具体情况：若机动车存在严重违法行为（如超速、酒驾、闯红灯），而非机动车只有轻微过错或无责任时，机动车一方可能需承担更高比例的赔偿责任。
• 逃逸情况：若机动车一方在事故发生后逃逸，则将承担事故的全部赔偿责任。

总结与建议：在机动车与非机动车事故中，赔偿比例的划分是一个复杂而细致的过程。若对方主责、我方次责，且总赔付金额为三千元，赔偿的分配需依据双方责任比例来确定。建议在实际操作中，结合具体案情和地区差异，合理确定赔偿比例，并遵循法定程序进行理赔。若对赔偿问题有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。