关于土地出让合同补充协议是否需要电子备案的问题，这主要取决于当地的具体规定和操作流程。不过，我可以根据一般情况和相关政策背景，为您提供一个较为全面的解答。

首先，我们需要明确的是，土地出让合同及其补充协议是土地出让过程中的重要法律文件，它们规范了出让人和受让人之间的权利和义务。因此，这些合同的签订和备案都应当遵循相关的法律法规和政策要求。

一、关于电子备案的一般情况

随着信息化的发展，许多地方已经推行了电子政务和电子合同备案系统。在这样的背景下，土地出让合同及其补充协议很可能需要通过电子方式进行备案。电子备案可以提高效率，减少纸质文件的使用，同时也便于查询和管理。

二、具体规定可能因地区而异

然而，需要注意的是，不同地区对于土地出让合同及其补充协议的备案要求可能存在差异。有些地方可能仍然要求纸质备案，或者同时接受纸质和电子备案。因此，要确定是否需要电子备案，最直接的方法是咨询当地自然资源主管部门或相关政府部门。

三、参考政策背景

从您提供的参考信息中，我们可以看到自然资源部和市场监管总局联合印发了新修订的《国有建设用地使用权出让合同(示范文本)》。这一示范文本的修订，旨在更好地适应当前土地市场的发展实际和土地资产管理要求。虽然示范文本本身并没有直接规定备案方式，但它强调了合同的规范性和可操作性，这间接提示了备案工作的重要性。

四、建议操作

1. 咨询当地部门：首先，建议您直接咨询当地自然资源主管部门或相关政府部门，了解具体的备案要求和流程。

2. 遵循示范文本：在签订土地出让合同补充协议时，应参照最新的示范文本进行，确保合同内容的规范性和合法性。

3. 保留证据：无论采用纸质备案还是电子备案，都应妥善保留相关证据，以备不时之需。

综上所述，土地出让合同补充协议是否需要电子备案，主要取决于当地的具体规定和操作流程。为了确保合规性和避免潜在的法律风险，建议您在签订补充协议前，先咨询当地相关部门并了解具体的备案要求。