确认行政机关行为违法之诉是否适用诉讼时效，需根据具体情况确定，一般自知道或应当知道行政行为之日起六个月内提起诉讼，但存在多种特殊规定和情形可能影响起诉期限。以下是对此问题的详细分析：
一、一般规定
直接起诉的时效：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。这是行政诉讼时效的基本原则，确保了行政行为的及时审查和法律秩序的稳定。
最长保护期限：
- 对于因不动产提起的诉讼案件，自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院将不予受理。这一规定旨在平衡行政行为的稳定性和当事人的合法权益保护。
二、特殊规定和情形
经过复议后起诉的时效：
- 如果公民、法人或其他组织对行政复议决定不服，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。若复议机关逾期未作决定，申请人则可在复议期满之日起十五日内向法院提起诉讼。这一规定既保障了当事人的复议权利，也确保了复议与诉讼之间的衔接顺畅。
行政机关未告知诉权或起诉期限时的时效处理：
- 当行政机关在作出具体行政行为时，未告知公民、法人或其他组织诉权或起诉期限的，起诉期限将从当事人知道或应当知道诉权或起诉期限之日起计算。但需要注意的是，从知道或应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过两年（对于确认违法之诉，若行政行为作出时间较早，且未告知诉权或起诉期限，则可能适用此规定，但具体需结合案件情况和司法解释判断）。这一规定旨在保护当事人的知情权，避免因信息不对等而导致的权益受损。不过，在确认违法之诉中，若行政行为明显违法且损害当事人权益，即使超过两年，法院也可能根据具体情况进行审查。
不知道行政行为内容时的时效规定：
- 对于公民、法人或其他组织不知道行政机关作出的行政行为内容的情形，其起诉期限将从知道或应当知道该行政行为内容之日起计算。同样地，涉及不动产的行政行为从作出之日起超过二十年、其他行政行为从作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院将不予受理。这一规定确保了行政行为的公开性和透明度，以及当事人对行政行为的及时知晓和应对。
确认无效与确认违法的区别：
- 值得注意的是，确认行政行为无效之诉与确认行政行为违法之诉在时效上可能存在差异。理论上认为，无效行政行为自始无效、绝对无效、当然无效，不因时间推移而具有合法效力。因此，确认无效之诉可能不受起诉期限的限制。然而，确认违法之诉则通常受到起诉期限的约束，除非存在特殊情形（如行政机关未告知诉权或起诉期限、当事人不知道行政行为内容等）。
三、实务建议
及时行使权利：
- 当事人在知道或应当知道行政行为之日起，应及时行使诉讼权利，避免因超过起诉期限而丧失胜诉权。
注意特殊情形：
- 当事人应关注是否存在特殊情形（如行政机关未告知诉权或起诉期限、当事人不知道行政行为内容等），这些情形可能影响起诉期限的计算。
咨询专业律师：
- 由于行政诉讼时效问题复杂且严格，当事人在考虑提起诉讼时，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。不过，作为周文凯律师，我也非常乐意为你提供这方面的法律咨询。
举例说明：假设某行政机关在2020年作出了一项行政处罚决定，但未告知当事人诉权或起诉期限。当事人在2023年才知道该处罚决定的存在，并认为其违法。在此情况下，当事人应自知道或应当知道该处罚决定之日起计算起诉期限，但最长不得超过从知道或应当知道具体行政行为内容之日起的两年（若适用此规定）。然而，由于行政处罚决定作出时间较近，且当事人知道的时间也未超过一般起诉期限（六个月），因此当事人应及时向法院提起诉讼以确认该处罚决定违法。
综上所述，确认行政机关行为违法之诉是否适用诉讼时效需根据具体情况确定。当事人在考虑提起诉讼时，务必仔细审查自己的起诉是否符合时效要求，并在规定的期限内采取行动以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。