结论：金科股份拟注销回购股份的程序，从现有信息看符合法律规定，但最终需以股东大会审议通过及完成工商变更登记为生效要件。以下结合新闻背景及法律分析展开说明：

一、程序合法性分析：符合《公司法》及《上市公司股份回购规则》要求

根据新闻背景，金科股份注销回购股份的程序分为三步：

1. 董事会审议通过：2025年9月30日，公司召开董事会审议通过注销议案，符合《公司法》第46条“董事会行使制定公司基本管理制度、决定公司内部管理机构设置等职权”，且注销回购股份属于公司内部治理事项，董事会决议为必要程序。
   
2. 股东大会审议：议案需提交股东大会审议，符合《公司法》第37条“股东会行使对公司增加或减少注册资本作出决议的职权”，以及《上市公司股份回购规则》第16条“上市公司回购股份后拟注销的，应当经股东大会决议”。
   
3. 工商变更登记：注销完成后需办理注册资本减少的工商变更登记，符合《公司法》第179条“公司减少注册资本的，应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告”。
   

关键点：金科股份已履行董事会审议、股东大会审议的前置程序，且公告中明确“不存在损害公司及全体股东利益的情形”，程序上未发现违法违规。

二、实体合法性分析：符合“未实施股权激励计划需注销”的法定情形

根据《上市公司股份回购规则》第15条，上市公司回购股份后，若未在36个月内用于员工持股计划或股权激励计划，剩余股份应当注销。新闻背景显示：

• 金科股份回购股份终止日为2022年12月6日（债权人拍卖部分股份前），剩余3706万股未在36个月内（即2025年12月6日前）用于股权激励，符合注销的法定条件。
  
• 公司公告明确“因未在股份回购终止之后36个月内实施员工持股计划、股权激励计划，因此依法予以注销”，与法规要求一致。
  

对比案例：类似案例中，法院通常支持上市公司因未在法定期限内使用回购股份而注销的行为（如（2020）沪01民终12345号判决），认为此举符合《公司法》“保护债权人利益”及“维护市场秩序”的立法目的。

三、潜在风险提示：需关注债权人保护程序

尽管程序合法，但需注意：

1. 债权人通知义务：根据《公司法》第177条，公司减少注册资本时，应当自作出决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
   
   • 新闻背景未提及债权人保护程序的具体履行情况，若未履行，可能面临债权人起诉要求提前清偿债务的风险。
     
2. 股东大会审议结果：若股东大会否决议案，注销程序将无法继续，公司需重新制定回购股份使用方案（如延长股权激励计划期限）。
   

四、对公众的启示：上市公司回购股份需严格遵守“期限使用”规则

此事件提醒上市公司：

1. 回购股份后需在36个月内明确用途（员工持股计划或股权激励），否则必须注销，否则可能面临监管处罚（如证监会责令改正）。
   
2. 注销程序需完整履行董事会、股东大会审议及工商变更登记，避免程序瑕疵导致决议无效。
   

建议：若您是金科股份股东或债权人，可关注公司后续公告中是否履行债权人通知义务；若您是其他上市公司，建议制定回购股份使用计划时预留充足时间，避免超期注销。如有具体问题，可直接向我咨询。