结论前置：一般情况下，农商银行担保逾期不可以在工商银行直接扣款。以下从不同角度进行分析：
- 从银行间资金划转规则角度：
- 银行之间有着严格的资金管理和清算规则。不同银行属于独立的金融机构，各自有独立的账户体系和资金清算系统。农商银行和工商银行是不同的法人主体，在没有合法依据和特定程序的情况下，农商银行无权直接从工商银行账户中扣款。这就好比两个不同的公司，不能随意从对方的账户里拿钱，必须遵循相应的财务和法律规范。
- 从担保法律关系角度：
- 担保逾期涉及的是担保人与债权人（农商银行）之间的法律关系。如果借款人未能按时还款导致担保逾期，农商银行应按照担保合同的约定，先向担保人主张权利，比如要求担保人履行还款义务。但这并不意味着可以直接从担保人在工商银行的账户扣款。通常需要经过一定的法律程序，如通过法院诉讼，获得生效判决后，申请法院强制执行，才有可能对担保人在其他银行的账户资金进行冻结和划扣。
- 从特殊情况角度：
- 只有在一些极其特殊的情况下，才可能出现类似跨行扣款的情况，但这种情况非常罕见且需要严格的法律授权。例如，如果涉及刑事犯罪，公安机关、检察院或法院等司法机关在依法履行职责时，可能会根据相关法律规定，对涉案人员的银行账户进行查询、冻结和划扣，但这与普通的农商银行担保逾期民事纠纷是完全不同的性质。
建议：如果您遇到农商银行担保逾期的问题，应积极与农商银行沟通协商解决方案，如制定还款计划等。如果协商不成，农商银行可能会通过法律途径解决，此时您应积极应对诉讼，按照法律程序维护自己的合法权益。如果您还有其他关于担保、银行借贷等方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。