被告认为自己不适格时，法院的处理方式主要取决于被告不适格的具体情形及法院的审查判断，一般存在两种处理方式：裁定驳回起诉或判决驳回诉讼请求。以下是对此问题的详细分析：

一、裁定驳回起诉

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉条件包括有明确的被告。若原告起诉的被告错误，即被告不适格，从程序审查的角度看，法院可能会裁定驳回原告的起诉。

2. 适用情形：当被告不适格的情况较为明显，且无需通过实体审理即可判断时，法院可能会选择裁定驳回起诉。例如，原告起诉的被告主体根本不存在，或者被告与案件无任何关联等。

3. 法律后果：驳回起诉的裁定发生法律效力后，原告再次起诉的，如符合起诉条件，人民法院应予以受理。这意味着原告有机会在纠正错误后重新提起诉讼。

二、判决驳回诉讼请求

1. 法律依据：虽然《中华人民共和国民事诉讼法》未明确规定被告不适格时应判决驳回诉讼请求，但司法实践中，许多法院倾向于通过实体审理来判断被告是否适格。若经审理认为被告不适格，即被告不是实体法律关系中的义务承担者，法院可能会判决驳回原告的诉讼请求。

2. 适用情形：当被告不适格的情况较为复杂，需要通过庭审举证、质证、辩论等程序进行实体审理才能得出结论时，法院可能会选择判决驳回诉讼请求。例如，原告起诉的被告虽然存在，但现有证据证明其与原告无民事法律关系，或者双方虽存在民事法律关系，但约定的履行义务条件尚未成就等。

3. 法律后果：驳回诉讼请求的判决书生效后，诉讼主体不能就同一诉讼请求和事实向人民法院重新提出诉讼。若当事人仍坚持向人民法院提起诉讼的，人民法院应依法裁定不予受理。这意味着原告在判决生效后，若想继续维权，需要找到适格的被告后重新提起诉讼。

三、建议与注意事项

1. 被告应积极应诉：若被告认为自己不适格，应积极应诉，提供相关证据证明自己与案件无关联或不是实体法律关系中的义务承担者。

2. 法院应全面审查：法院在审查被告是否适格时，应全面审查案件事实和相关证据，确保判断的准确性和公正性。

3. 原告应谨慎起诉：原告在起诉时，应确保所诉对象明确且适格，避免因被告不适格而导致诉讼失败。

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