针对您提出的“提交了离职报告然后自离怎么办”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。
首先，需要明确的是，辞职权是劳动者享有的单方解除劳动合同的权利。当您向公司提交离职报告时，这实际上是一个辞职的意思表示。根据法律规定，这个意思表示一旦到达公司，即产生法律效力，无需公司的同意。也就是说，从您提交离职报告的那一刻起，您与公司之间的劳动关系就已经开始进入解除程序。
然而，在实际操作中，有些公司可能会因为各种原因（如工作交接、人员安排等）而拒绝或拖延您的离职申请。但公司的拒绝并不影响您辞职权利的行使。一旦您的辞职意思表示到达公司，无论公司是否同意，劳动关系都将在一定期限后（通常是30天，根据《劳动合同法》第三十七条）自动解除。
接下来，关于您“自离”的行为，即未经公司同意就擅自离职，这可能会带来一些法律后果。虽然您的辞职权利已经行使，但擅自离职可能违反了您与公司之间的劳动合同约定或公司规章制度。如果因此给公司造成了损失，您可能需要承担相应的赔偿责任。
此外，从实际案例来看，如您所提到的上海市第二中级人民法院审结的劳动纠纷案，法院在判决时主要考虑了以下几点：
劳动者辞职权利的行使：法院认定劳动者行使了辞职的权利，且该权利无需公司的同意。
辞职理由的合法性：虽然劳动者有辞职的权利，但辞职的理由必须符合法律规定。如果理由不成立，可能不产生合法解除劳动合同的法律后果。
劳动关系的解除时间：法院认为，劳动关系在劳动者辞职的意思表示到达公司时即解除。
擅自离职的法律后果：如果劳动者擅自离职给公司造成了损失，应当承担赔偿责任。
基于以上分析，我建议您采取以下措施：
与公司沟通：尽量与公司进行友好沟通，说明您的离职意愿和原因，争取公司的理解和支持。
办理离职手续：按照公司的规定和流程办理离职手续，包括工作交接、物品归还等。
关注法律后果：如果擅自离职可能给公司带来损失，您应做好承担相应赔偿责任的准备。
保留证据：在离职过程中，保留好相关证据（如离职报告、沟通记录等），以备不时之需。
总之，虽然您已经提交了离职报告并自离，但建议您还是尽量与公司进行友好沟通，并按照规定办理离职手续，以避免不必要的法律纠纷和损失。