行政机关收到退还赃款后，应当依法上缴财政。具体处理方式及依据如下：

1. 法律依据与处理原则
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条及《财政违法行为处罚处分条例》相关规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或责令退赔；对被没收、追缴的违法所得，应由行政机关上缴国库。行政机关作为执法主体，无权截留或自行处置赃款，必须遵循“收支两条线”原则，确保赃款全额上缴财政。

2. 处理流程

   • 登记与核对：行政机关收到退还赃款后，需对款项来源、金额、涉案案件等信息进行详细登记，并与案件卷宗、退赔文书等材料核对，确保款项与案件关联性准确无误。
     
   • 上缴财政：核对无误后，行政机关应在规定期限内（通常为收到款项后5个工作日内）将赃款缴入同级财政国库账户，并附具相关法律文书（如判决书、退赔决定书等）作为缴款依据。
     
   • 财务与档案处理：上缴后，行政机关需在财务系统中记录款项上缴情况，并整理归档案件材料，包括退赔协议、缴款凭证等，以备后续审计或复查。

3. 特殊情形处理

   • 需返还被害人的情形：若赃款涉及特定被害人损失，且法院判决或行政决定明确要求返还，行政机关应优先按程序退还被害人，剩余部分上缴财政。退还时需被害人出具收据，并留存身份证明、联系方式等材料。
     
   • 跨区域案件协调：涉及多地行政机关的案件，赃款上缴可能需按比例分配或由主要办案机关统一处理。此时需依据上级部门协调意见或联合执法协议执行，确保程序合法。

4. 违规处理后果
   若行政机关未按规定上缴赃款，可能面临以下法律责任：

   • 行政责任：由财政部门或上级机关责令改正，对直接负责的主管人员和其他责任人员依法给予处分（《财政违法行为处罚处分条例》第四条）。
     
   • 刑事责任：若截留、挪用赃款数额较大，可能构成《刑法》第三百八十四条规定的“挪用公款罪”，依法追究刑事责任。

建议：行政机关在处理退还赃款时，应严格遵循法定程序，确保款项流向透明、合规。如有具体案件或操作疑问，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供进一步指导。