结论：能否基于农村土地承包转让协议申请法院确认土地承包权，需分情况讨论，具体如下：

1. 协议合法有效且无争议时
   若农村土地承包转让协议符合《农村土地承包法》及《民法典》相关规定（如双方主体适格、意思表示真实、内容合法、程序合规），且不存在争议，则无需通过法院确认承包权。承包权自协议生效时即依法转移，当事人可持协议及相关权属证明直接主张权利。若行政主管部门未及时变更登记，可要求其履行职责，而非直接起诉确认承包权。

2. 协议存在争议或效力瑕疵时
   若协议存在以下情形，可向法院提起民事诉讼，请求确认协议效力或承包权归属：

   • 效力争议：如一方主张协议无效（如违反法定转让程序、未经发包方同意、转让期限超过承包期剩余期限等），或存在欺诈、胁迫、显失公平等情形；
     
   • 权属争议：如第三人主张对承包地享有权利（如其他家庭成员反对转让、发包方拒绝认可转让等），导致承包权归属不明；
     
   • 履行障碍：如受让方已实际占有土地但未办理变更登记，发包方拒绝配合办理手续等。
     此时，法院可根据协议内容、履行情况、双方证据及法律规定，判决确认承包权归属或协议效力。

3. 行政登记与司法确认的衔接
   根据《农村土地承包经营权证管理办法》，承包权变更需向县级以上地方人民政府申请变更登记。若行政机关拒绝登记或登记错误，当事人可先通过行政复议或行政诉讼解决登记问题；若行政程序无法解决权属争议，再通过民事诉讼确认承包权。司法确认的效力优先于行政登记，但实践中需结合具体程序选择救济途径。

建议：

• 签订转让协议前，务必确保程序合法（如经发包方同意、报乡镇政府备案），并留存书面证据；
  
• 发生争议时，优先通过协商或调解解决，降低维权成本；
  
• 若需诉讼，应准备协议原件、履行证据（如交地凭证、缴费记录）、权属证明等材料，并明确诉讼请求（如确认协议有效、判令办理变更登记等）。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合证据和法律提供详细分析。