公司员工起诉公司，一般情况下是不会直接影响公司退税的。下面我将从多个角度进行详细分析：

一、起诉行为本身不影响税务

起诉是当事人就民事纠纷向人民法院提起诉讼，请求人民法院依照法定程序进行审判的行为。这一行为本身，并不直接涉及公司的税务问题。税务问题主要关注的是公司的纳税义务、税款计算、申报及缴纳等环节，与起诉行为无直接关联。

二、诉讼结果可能间接影响公司形象及税务环境

1. 公司胜诉：

   • 如果公司胜诉，这通常意味着公司在法律纠纷中占据了有利地位，对公司的形象和声誉有一定的正面影响。
   • 胜诉本身不会直接导致税务问题的变化，但良好的公司形象可能有助于公司在税务稽查、税务协商等方面获得更有利的待遇。

2. 公司败诉：

   • 如果公司败诉，且败诉结果涉及经济赔偿，公司需要按照判决文书履行赔偿义务。
   • 败诉本身不会直接改变公司的税务义务，但赔偿支出可能作为公司的费用在税前扣除（需符合税法规定），从而间接影响公司的应纳税所得额。
   • 此外，败诉信息可能在网络上公开，对公司的形象和声誉造成一定影响，进而可能影响公司在税务方面的信用评级或税务稽查的频率。

三、不执行生效判决文书的法律后果

• 如果公司败诉后不执行生效判决文书，可能被法院强制执行。
• 法院在受理强制执行后，会依法查询债务人名下的房产、车辆、证券和存款等财产。
• 如果公司没有可供执行的财产而拒绝履行法院的生效判决，将会有逾期还款等负面信息记录在信用报告中。
• 在有能力而拒不执行的情况下，公司及其相关责任人员可能涉嫌拒不执行判决、裁定罪，这将对公司产生严重的法律后果，但同样不直接涉及税务问题的改变。不过，这种法律后果可能间接影响公司的税务环境和信用状况。

四、税务合规的重要性

• 无论公司是否面临诉讼，税务合规都是公司必须重视的问题。
• 公司应确保按照税法规定准确计算、申报和缴纳税款，避免因税务问题而引发的法律风险。
• 良好的税务合规记录有助于公司在法律纠纷中保持有利地位，并可能在一定程度上减轻诉讼对公司形象和声誉的负面影响。

总结与建议：

公司员工起诉公司本身不会直接影响公司的退税。但诉讼结果可能间接影响公司的形象、声誉及税务环境。因此，我建议公司：

1. 重视税务合规问题，确保按照税法规定准确计算、申报和缴纳税款。
2. 在面临诉讼时，积极应对并寻求专业法律帮助，以维护公司的合法权益。
3. 无论诉讼结果如何，都应保持与税务机关的良好沟通，确保税务问题的妥善处理。

如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。