针对您提出的“行政案件立案超过期限，经审理实体需判决驳回，应如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、行政诉讼时效的基本规定

首先，我们需要明确行政诉讼的时效规定。根据《中华人民共和国行政诉讼法》，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出，法律另有规定的除外。这是提起行政诉讼的基本时间限制。

二、超过行政诉讼时效的法律后果

1. 丧失胜诉权：

   • 如果当事人超过法定的起诉时效提起诉讼，且无法定正当理由，法院在审理后通常会判决驳回其诉讼请求。这是因为诉讼时效的设定旨在督促当事人及时行使权利，维护法律关系的稳定。

2. 不影响起诉权与实体权利：

   • 尽管诉讼时效届满可能导致胜诉权的丧失，但并不消灭当事人的起诉权。当事人仍有权向法院提起诉讼，只是可能无法获得胜诉判决。
   • 同时，诉讼时效的届满也不消灭当事人的实体权利。如果义务人自愿履行义务，权利人仍有权接受，且不受诉讼时效的限制。

三、正当理由导致的时效中止、中断或延长

在某些特殊情况下，行政诉讼的时效可以被中止、中断或延长。这些情况包括但不限于：

1. 因不可抗力或其他非自身原因耽误起诉期限：

   • 如果因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他不属于当事人自身的原因导致起诉期限被耽误，被耽误的时间将不计算在起诉期限内。

2. 因人身自由受到限制而不能提起诉讼：

   • 如果当事人因人身自由受到限制（如被拘留、逮捕等）而不能提起诉讼，被限制人身自由的时间也不计算在起诉期间内。

3. 特殊情况下的延长期限申请：

   • 如果公民、法人或其他组织因特殊情况耽误起诉期限，且在障碍消除后十日内申请延长期限的，可以由人民法院决定是否准许。

四、处理建议

1. 严格遵守时效规定：

   • 当事人在提起行政诉讼时，应务必注意时效问题，确保在法定的起诉期限内提起诉讼。

2. 关注正当理由：

   • 如果存在可能导致时效中止、中断或延长的正当理由，当事人应及时向法院提出申请，并提供相关证据。

3. 评估法律地位和诉讼风险：

   • 在提起行政诉讼前，当事人应全面评估自身的法律地位和诉讼风险，包括是否超过诉讼时效、是否存在正当理由等。

4. 寻求专业法律帮助：

   • 如果当事人对行政诉讼时效问题存在疑问或不确定如何处理，建议寻求专业法律帮助，以确保自身权益得到有效维护。

综上所述，行政案件立案超过期限后，经审理实体需判决驳回时，当事人应了解并遵守行政诉讼时效的基本规定，关注是否存在正当理由导致的时效中止、中断或延长，并在必要时寻求专业法律帮助。