伪造公司印章罪由公安机关进行管辖。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与管辖原则
根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，伪造公司印章罪属于行为犯，即只要行为人实施了伪造公司印章的行为，就构成犯罪，应当受到刑罚处罚。这一犯罪行为侵犯的是国家对公司印章的管理制度，因此，伪造公司印章罪属于公安机关的管辖范围。
在具体实践中，管辖原则主要依据《公安机关办理刑事案件程序规定》。根据该规定，刑事案件主要由犯罪地的公安机关管辖。这里的“犯罪地”包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。对于伪造公司印章罪而言，无论是伪造印章的制作地还是使用地，都可能被视为犯罪地，因此当地的公安机关对该案件具有管辖权。如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，也可以由其居住地的公安机关管辖。
二、公安机关内部管辖分工
在公安机关内部，伪造公司印章罪通常由刑侦部门（即刑事侦查部门）负责立案侦查。刑侦部门具备专业的侦查能力和丰富的经验，能够有效地开展调查取证工作，并根据事实、证据和法律规定，对犯罪嫌疑人采取相应的强制措施，最终将其移送检察机关审查起诉。
尽管伪造公司印章罪主要由刑侦部门管辖，但在实际工作中，由于派出所是公安机关的基层单位，负责日常巡逻防控和接处警工作，因此可能最先发现伪造公司印章的相关线索。在这种情况下，派出所会进行初步调查和甄别。对于符合立案标准的案件，派出所会及时移交至刑侦部门进一步办理。
三、实际操作建议
及时报案：在发现伪造公司印章的犯罪行为时，建议受害者或知情人士首先向当地公安机关报案。报案时，应尽可能提供详细的犯罪线索和证据材料，如伪造的印章样本、使用伪造印章的合同或文件等，以便公安机关能够迅速准确地确定管辖部门，并开展相应的调查和处理工作。
配合调查：在公安机关开展调查过程中，受害者或知情人士应积极配合，提供必要的协助和信息。这有助于公安机关更快地查明事实真相，追究犯罪嫌疑人的法律责任。
关注进展：在报案后，受害者或知情人士可以关注案件的进展情况。如果对报案流程或后续处理有任何疑虑或问题，可以随时向我咨询以获取进一步的法律帮助和指导。
总结来看，伪造公司印章罪由公安机关进行管辖，并依法进行立案侦查和移送起诉。在发现相关犯罪行为时，建议及时向当地公安机关报案，并积极配合调查工作。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。