合同诈骗1000万元的案件，其管辖权主要依据犯罪地的公安机关进行管辖，若由被告人居住地的公安机关管辖更为适宜的，也可由被告人居住地的公安机关管辖。以下是对此问题的详细分析：

一、管辖权的基本原则

在刑事案件中，管辖权的基本原则是“犯罪地管辖为主，被告人居住地管辖为辅”。这意味着，一般情况下，案件应由犯罪行为发生地的公安机关负责侦查。然而，如果被告人居住地的公安机关在侦查上更为便利或适宜，那么也可以由被告人居住地的公安机关进行管辖。

二、犯罪地的确定

犯罪地通常包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。在合同诈骗案件中，犯罪行为发生地可能涉及合同的签订地、履行地等，而犯罪结果发生地则可能是被害人遭受财产损失的地点。因此，在确定管辖权时，需要综合考虑犯罪行为和犯罪结果的具体发生地点。

三、被告人居住地的考虑

被告人居住地是指被告人的户籍所在地或经常居住地。在某些情况下，如果被告人居住地的公安机关对案件的侦查更为熟悉或便利，例如被告人居住地与犯罪行为发生地有密切联系，或者被告人居住地的公安机关已经掌握了部分案件线索等，那么也可以由被告人居住地的公安机关进行管辖。

四、特殊情况的管辖

对于合同诈骗等经济犯罪案件，如果涉及多个地区或跨省作案，可能需要由上级公安机关指定管辖或协调管辖。此外，如果案件涉及国家秘密或重大利益，也可能需要由特定的公安机关进行管辖。

五、法律建议

1. 及时报案：一旦发现合同诈骗行为，被害人应尽快向当地公安机关报案，并提供相关证据材料。
2. 配合调查：在公安机关侦查过程中，被害人应积极配合调查工作，提供必要的协助和信息。
3. 关注进展：被害人可以关注案件的侦查进展和诉讼情况，及时了解案件的处理结果。

针对您提到的合同诈骗1000万元的具体情况，由于涉案金额巨大，案件可能涉及多个地区或跨省作案，因此管辖权的确定可能更为复杂。在这种情况下，建议您及时向当地公安机关报案，并配合公安机关的调查工作。同时，您也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。