运输合同可以有合同编号。
一. 合同编号的性质与用途
合同编号并非合同的法定要件，而是合同当事人为了内部档案管理的需要而进行的编号。它不影响合同的法律效力，但有助于合同的查找与管理。在实际操作中，许多企业为了规范合同管理，会习惯性地为每份合同分配一个唯一的编号。
二. 运输合同中的合同编号
存在性：在运输合同中，合同编号并不是必须存在的。但出于合同管理和查找的便利，许多运输合同也会包含合同编号。
实例：例如，某船公司的集装箱货物标准运输合同就可能包含合同编号，以方便公司对合同的追踪和管理。
三. 合同编号的法律意义
虽然合同编号本身不具有法律效力，但它是合同文本的一部分。在合同纠纷或法律诉讼中，合同编号可以作为识别合同身份的一个重要标识，有助于法院或仲裁机构快速定位相关合同文件。
我的观点：在签订运输合同时，是否包含合同编号取决于当事人的约定和实际需求。如果双方认为合同编号有助于合同的查找与管理，那么完全可以在合同中加入这一条款。但无论如何，合同编号的存在与否都不会影响运输合同本身的法律效力和内容。