在合作协议中，乙方必须要注明的权益主要包括以下几个方面：
合作内容与范围：
- 乙方应明确其在合作协议中的具体职责和任务，包括但不限于提供的服务、产品、技术或资源等。这有助于界定双方的合作边界，避免后续因职责不清而产生的纠纷。
- 示例：若合作涉及软件开发，乙方应注明其负责开发的模块、功能及预期完成时间等。
权益分配与收益：
- 乙方应明确其在合作中的收益分配方式，包括但不限于利润分成、股权分配、固定费用等。这是乙方参与合作的核心动力之一，必须清晰约定。
- 示例：若合作项目产生利润，乙方可约定按投资比例或事先约定的比例进行分成。
知识产权归属：
- 对于合作过程中产生的知识产权（如专利、商标、著作权等），乙方应明确其归属及使用方式。这有助于保护乙方的创新成果，避免后续因知识产权问题而产生的法律纠纷。
- 示例：若合作开发新技术，乙方可约定该技术产生的专利归双方共有或按特定比例归属。
保密义务与竞业限制：
- 乙方应明确其在合作期间及合作结束后的保密义务，包括但不限于对合作信息、商业秘密、技术秘密等的保密。同时，若有必要，可约定竞业限制条款，以防止乙方在合作结束后从事与甲方相竞争的业务。
- 示例：乙方可约定在合作期间及合作结束后两年内，不得泄露甲方的商业秘密，且不得在相同或类似领域从事与甲方相竞争的业务。
违约责任与争议解决：
- 乙方应明确合作协议中的违约责任条款，包括但不限于违约情形、违约责任承担方式等。这有助于在合作过程中约束双方行为，确保合作顺利进行。同时，应约定争议解决方式，如仲裁或诉讼等。
- 示例：若乙方未按约定时间完成合作任务，可约定按日计算违约金，并承担因此给甲方造成的损失。争议解决方式可约定为提交至某仲裁机构进行仲裁。
合作期限与终止条件：
- 乙方应明确合作协议的期限及终止条件。这有助于双方规划合作进程，并在合作结束时顺利过渡。
- 示例：合作期限可约定为自协议生效之日起至某特定日期止，或至合作目标实现之日止。终止条件可包括双方协商一致、一方严重违约等。
法律建议：
- 在签订合作协议前，乙方应仔细阅读协议条款，确保所有权益均得到明确约定。
- 若对协议条款存在疑问或不确定之处，乙方应及时向甲方提出并协商修改。
- 签订合作协议后，乙方应严格遵守协议约定，履行自身义务，并保留好相关证据以备不时之需。
可能的法律后果：
- 若乙方未在合作协议中明确注明其权益，可能导致在合作过程中权益受损且难以维权。
- 若乙方违反合作协议中的约定，可能面临违约责任承担、声誉受损等法律后果。
因此，乙方在签订合作协议时，务必确保所有权益均得到明确、合理的约定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。