关于企业公章有多个编码是否合法的问题，这主要取决于公章的类型以及相关的管理规定。

首先，我们需要明确的是，根据《浙江省印章刻制治安管理办法》以及其他相关法规，企业的规范名称章（即通常所说的公章）是只准刻制一枚的，且这一枚公章应当具有唯一性，用于代表企业的正式身份和进行法律行为。在这种情况下，公章上通常不会出现多个编码，因为编码往往是用于区分不同公章的标识。

然而，对于企业的其他专用章，如合同章、财务章、税务章等，根据规定是可以刻制多枚的，但每一枚都必须用阿拉伯数字或其他方式区别开来。这里的“区别”可能体现在公章的编号、尺寸、形状或是刻制的具体文字上，但并不意味着每一枚专用章都会有一个完全独立的“编码”体系，而是说在同类专用章中，需要通过某种方式确保每一枚的唯一性。不过，在实际操作中，这些专用章上的编号或区别标识并不等同于传统意义上的“多个编码”，而是用于内部管理和区分不同用途或版本的公章。

另外，值得注意的是，随着电子印章的普及，根据《电子印章管理办法》，电子印章是基于密码技术和相关数字技术表征印章的特定格式数据，用于实现电子文件的可靠电子签名。电子印章的管理包括申请、制作、备案、使用、注销等环节，且符合规定的电子印章与实物印章具有同等法律效力。在电子印章的语境下，也不存在“多个编码”的问题，因为每一枚电子印章都是通过特定的数字技术生成的，具有唯一性。

综上所述，企业的规范名称章只准刻制一枚，不应有多个编码；而其他专用章虽然可以刻制多枚，但每一枚都需要通过某种方式确保唯一性，这并不等同于传统意义上的“多个编码”。因此，在正常情况下，企业公章（指规范名称章）不应有多个编码，如果发现有多枚编码相同的公章，可能涉及非法刻制或管理不当的问题，需要及时向相关部门报告并处理。