在交通事故中，关于保险公司申请鉴定的鉴定费由谁垫付的问题，这实际上涉及多个主体和法律规定，下面我将为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，鉴定费的承担通常遵循“谁主张鉴定谁先垫付”的原则。也就是说，如果保险公司或受害者等任何一方主张进行鉴定，那么这一方通常需要先垫付鉴定费用。
接下来，我们根据不同情况来具体分析鉴定费的最终承担主体：
保险公司承担：
- 如果车辆投保了商业保险，并且保险合同中有明确条款规定保险公司需承担鉴定费，那么保险公司应按照约定执行。
- 根据《保险法》的相关规定，为查明和确定保险事故的性质、原因和损失程度所支付的必要的、合理的费用，包括鉴定费，由保险人（即保险公司）承担。
侵权人承担：
- 如果保险合同免责条款将鉴定费排除在理赔范围外，或者车辆未投保相关保险，那么鉴定费通常应由侵权人（即肇事者）承担。因为侵权人对受害人的损失负有赔偿责任，鉴定费作为确定损失程度的必要费用，理应由侵权人承担。
双方按责任比例分担：
- 在交通事故中，如果双方均有责任，那么鉴定费应按照各自的责任比例进行分担。这体现了公平原则，即谁的责任大，谁就承担更多的鉴定费用。
特殊情况下的承担：
- 根据《道路交通事故处理程序规定》，如果公安机关交通管理部门在事故调查结束后委托的检验、鉴定，那么这部分费用通常由其自身承担。但如果是当事人自行委托的鉴定，则费用由当事人自行承担。
- 在肇事车辆与行人之间的交通事故中，一般由机动车方承担鉴定费用。但如果行人也有过错，那么行人也需要根据其过错程度分担一部分费用。
实际操作建议：
- 由于鉴定费承担方式可能因地区、案件具体情况等因素而异，我建议您在处理交通事故时及时咨询当地律师或相关机构，以了解具体的法律规定和实践操作方式。
- 同时，请务必保留好所有与鉴定相关的票据和文件，以便在后续的法律程序中作为证据使用。
综上所述，交通事故中的鉴定费承担需根据具体情况而定，可能由保险公司、侵权人、双方按责任比例或申请人先行垫付。在实际操作中，应依据相关法律法规和合同条款，并结合案件具体情况进行判断和处理。希望这个解答能够对您有所帮助。