申请破产清算的公司已经交过的预付款能否要回，需分情况判断。

一、破产申请受理前的情况

在破产申请受理前，依据《企业破产法》的相关规定，预付款通常被视为普通债权。在破产财产清偿时，需遵循法定的清偿顺序：

1. 破产费用和共益债务：首先支付破产案件的诉讼费用、管理、变价和分配债务人财产的费用等破产费用，以及管理人或者债务人请求对方当事人履行双方均未履行完毕的合同所产生的债务等共益债务。
2. 职工债权：之后依次清偿职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
3. 税款债权：再清偿所欠税款。
4. 普通破产债权：最后清偿普通破产债权，预付款即属于此类。

若破产财产足够支付前面的费用和债务，预付款作为普通债权有机会按比例得到清偿；若破产财产不足以支付，预付款可能无法全部拿回，甚至部分无法拿回。

二、破产申请受理后的情况

在破产申请受理后，对于双方均未履行完毕的合同，管理人有权决定解除或继续履行：

1. 管理人决定继续履行合同：若管理人决定继续履行合同，预付款对应的交易可能继续完成，预付款也可视为继续交易的款项，此时预付款的回收将依赖于合同的继续履行情况。
2. 管理人决定解除合同：若管理人决定解除合同，预付款可作为因合同解除产生的损害赔偿请求权，同样作为普通债权参与清偿。此时，预付款的回收将依赖于破产财产的清偿能力和清偿顺序。

三、实际操作中的建议

1. 及时申报债权：作为预付款的债权人，您应及时向管理人申报债权，提供相关证据材料，如合同、付款凭证等，以证明您的债权存在和金额。
2. 关注破产财产状况：了解破产企业的财产状况、清偿能力和清偿顺序，以便更好地评估预付款的回收可能性。
3. 参与债权人会议：积极参加债权人会议，了解破产清算的进展情况，行使您的表决权，维护您的合法权益。

破产清算时预付款有要回的可能，但具体能否要回以及要回的金额，受破产财产状况、清偿顺序等多种因素影响。如果您在破产清算过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。