三方合同中的甲乙双方单独签订补充合同，其有效性需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：
三方合同的整体性与补充合同的独立性
- 三方合同是一个整体，涉及三方当事人的权利和义务。若甲乙双方单独签订的补充合同内容，不涉及第三方权利义务，且不违反三方合同中的强制性或禁止性规定，那么该补充合同在甲乙双方之间是有效的。它仅对甲乙双方产生法律约束力，不影响第三方在三方合同中的地位和权利。
- 然而，如果补充合同的内容涉及到了第三方的权利义务，或者改变了三方合同中的核心条款，那么该补充合同可能因未经第三方同意而无效，或者对第三方不产生法律效力。
第三方是否知情并同意
- 在签订补充合同时，如果第三方对补充合同的内容知情并明确表示同意，那么该补充合同在三方之间均有效。这是因为第三方的同意构成了对原三方合同条款的变更或补充的认可。
- 如果第三方对补充合同的内容不知情或不同意，那么该补充合同对第三方不产生法律效力。第三方仍有权按照原三方合同的约定行使权利和履行义务。
法律原则与合同自由
- 根据合同自由原则，甲乙双方有权在不违反法律、行政法规的强制性规定，且不损害第三方合法权益的前提下，单独签订补充合同。这是合同双方自主协商、自愿达成的结果。
- 但同时，合同的有效性也受到法律原则的制约。如果补充合同的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了社会公共利益、第三方合法权益等，那么该补充合同将被认定为无效。
法律建议：
- 在签订补充合同前，甲乙双方应充分了解三方合同的内容和条款，确保补充合同的内容不违反原合同的约定和法律、行政法规的强制性规定。
- 如果补充合同的内容涉及到了第三方的权利义务，或者可能对第三方的地位和权利产生影响，那么甲乙双方应事先与第三方进行沟通并取得其同意。
- 在签订补充合同后，甲乙双方应妥善保管合同文本和相关证据材料，以备不时之需。
可能的法律后果：
- 如果补充合同被认定为有效，那么甲乙双方应按照补充合同的约定行使权利和履行义务。
- 如果补充合同被认定为无效或对第三方不产生法律效力，那么甲乙双方可能面临违约责任、赔偿损失等法律后果。同时，第三方仍有权按照原三方合同的约定行使权利和履行义务。
在实际操作中，建议甲乙双方在签订补充合同前咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性。如果有任何法律问题，也可以直接向我咨询。