结论：商家将电动车合格证上的铅酸电池更换为锂电池，若该更换行为未经过合法程序或未获得相关批准，则交警查处此类行为是合法的。
分析：
电动车合格证与电池类型的关系：
- 电动车合格证是车辆合法上路的必要文件，其中详细记录了车辆的技术参数和配置信息，包括电池类型。
- 电池类型作为电动车的重要技术参数，其变更可能影响到车辆的性能、安全性和合规性。
商家更换电池类型的合法性：
- 商家在未经消费者同意或未获得相关批准的情况下，擅自将铅酸电池更换为锂电池，可能构成对消费者权益的侵害，同时也可能违反相关法律法规。
- 特别是如果更换后的锂电池不符合原车设计标准或安全规范，将可能给消费者带来安全隐患。
交警查处的合法性：
- 交警作为交通管理的主管部门，有责任对上路车辆进行合规性检查。
- 如果发现车辆存在与合格证不符的情况，如电池类型被擅自更换，交警有权进行查处，以确保道路交通安全和秩序。
可能的法律后果：
- 商家擅自更换电池类型可能面临行政处罚，如罚款、责令整改等。
- 如果因此导致交通事故或消费者权益受损，商家还可能承担民事赔偿责任，甚至刑事责任。
建议：
- 对于消费者：在购买电动车时，应仔细核对合格证上的信息，确保车辆配置与合格证一致。如发现商家擅自更换电池类型等违规行为，应及时向相关部门投诉或寻求法律帮助。
- 对于商家：应严格遵守相关法律法规和行业标准，不得擅自更改车辆配置或技术参数。如需进行电池更换等维修服务，应提前告知消费者并获得其同意，同时确保更换后的部件符合原车设计标准和安全规范。
进一步思考：
- 在电动车行业快速发展的背景下，如何加强监管和确保产品质量安全是一个亟待解决的问题。相关部门应加大对电动车生产、销售和使用环节的监管力度，确保消费者能够购买到安全、合规的电动车产品。
- 同时，消费者也应提高自我保护意识，选择正规渠道购买电动车，并仔细核对车辆信息。在遇到问题时，应及时向相关部门或专业律师咨询以维护自身权益。
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