摩托车非法营运，一般会被扣除9分，并处以罚款。具体依据如下：

根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第九条第五项规定，驾驶载货汽车载物超过最大允许总质量百分之五十以上的，或驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速百分之二十以上的，或驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速百分之二十以上未达到百分之五十的，或驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的机动车在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速百分之二十以上未达到百分之五十的，或驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的机动车在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速百分之五十以上的，一次记9分。而摩托车非法营运属于上述规定的范畴，因此会被扣9分。

同时，根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。因此，摩托车非法营运除了会被扣分外，还会面临罚款等处罚。

综上所述，摩托车非法营运是一种违法行为，不仅会被扣除9分，还会面临罚款等处罚。建议遵守相关法律法规，不要进行非法营运活动。