针对货运司机酒驾两次的情况，其处理将依据酒驾的具体程度（饮酒驾驶与醉酒驾驶）及是否存在其他加重情节，如超载、超速或造成交通事故等，来面临不同程度的行政处罚、刑事处罚以及从业资格限制。以下是具体的处理措施：
一、饮酒驾驶货运车辆（两次）
行政处罚：
- 对于再次饮酒驾驶（血液中酒精含量≥20mg/100ml且＜80mg/100ml），根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，将处十日以下拘留，并处1000元以上2000元以下罚款，同时吊销机动车驾驶证。
从业资格影响：
- 若货运司机持有货运从业资格证，在再次饮酒驾驶的情况下，很可能面临吊销处理，这意味着其将失去从事货运工作的资格。
二、醉酒驾驶货运车辆（两次）
刑事处罚：
- 醉酒驾驶（血液中酒精含量≥80mg/100ml）构成危险驾驶罪，将依法追究刑事责任，处拘役，并处罚金。若两次均为醉酒驾驶，其刑罚可能会更重。
行政处罚：
- 由公安机关交通管理部门约束至酒醒，吊销机动车驾驶证，且五年内不得重新取得机动车驾驶证。对于再次醉酒驾驶，这一处罚将更加严厉。
从业资格限制：
- 吊销从业资格证，且可能终生不得再从事营运性道路运输工作。这对于货运司机来说，是极其严重的后果。
三、其他加重情节
- 若酒驾行为导致重大交通事故，致人重伤、死亡或使公私财产遭受重大损失，将构成交通肇事罪，依法追究刑事责任，可能处三年以上七年以下有期徒刑，甚至更高刑罚。
- 在此情况下，公安机关交通管理部门还将吊销机动车驾驶证，终生不得重新取得机动车驾驶证。
综上所述，货运司机酒驾两次将面临极其严重的法律后果，包括行政处罚、刑事处罚以及从业资格限制。因此，货运司机应严格遵守交通法规，坚决杜绝酒后驾车行为，以保障道路交通秩序和公共安全。