亲子鉴定在大多数情况下能确定父子关系，但并非唯一手段，法律上还有其他认定方式。以下从不同角度为您详细分析：
亲子鉴定能确定父子关系的情况
亲子鉴定通过对比DNA序列，能够科学、准确地判断父子之间是否存在生物学上的亲子关系。在司法实践中，亲子鉴定结果通常被视为直接且有力的证据。例如，在涉及抚养权、继承权等法律纠纷中，如果一方能够提供亲子鉴定报告，证明自己与子女之间存在亲子关系，那么这一报告往往会被法院采纳，作为认定父子关系的重要依据。
法律上其他认定父子关系的方式
出生证明、户口本等官方文件：
- 如果父母与子女之间的亲子关系可以通过出生证明、户口本等具有法律效力的官方文件来证明，法律通常会接受这些文件作为确定亲子关系的依据。这些文件因其官方性和权威性，在大多数情况下足以证明亲子关系，无需进一步的亲子鉴定。
婚姻关系存续期间受胎或出生的子女推定：
- 根据法律规定，婚姻关系存续期间妻子受胎所生的子女，一般被推定为夫妻双方的婚生子女。这一推定原则基于婚姻关系的稳定性和亲子关系的自然性，旨在保护子女的合法权益。例如，甲和乙在婚姻期间，乙生育一子丙，除非有相反证据，否则丙将被推定为甲乙的婚生子女。
当事人自愿承认亲子关系：
- 如果一方当事人明确、自愿地承认自己与某子女存在亲子关系，且这种承认不违反法律和公序良俗，法律可以据此认定亲子关系成立。例如，甲主动承认自己是乙所生子女丙的生父，并签署了书面声明，且无争议和相反证据，则法律可据此确定亲子关系。
法院根据其他证据形成高度盖然性的心证：
- 在没有直接证据（如亲子鉴定报告）时，法院会综合考量受孕时间、同居情况、证人证言、医院生育记录等间接证据。若这些证据能相互印证，形成高度盖然性，法院可据此认定亲子关系。例如，甲乙曾同居，期间乙怀孕生子丙。虽有否认，但综合证人证言、生育记录等证据，法院可能认定甲丙存在亲子关系。
特殊情况下的处理
- 申请亲子鉴定遭拒：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条第二款的规定，当父或者母以及成年子女起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明时，如果另一方没有相反证据且拒绝做亲子鉴定，人民法院可以认定确认亲子关系一方的主张成立。
- 涉及继承、抚养权纠纷等敏感问题：为更准确地判断亲子关系，法院可能会要求或建议进行亲子鉴定，以提供更为科学、客观的证据，解决争议并维护各方权益。
建议：在涉及亲子关系认定的法律纠纷中，如果条件允许，进行亲子鉴定是最直接、最有效的方式。但如果无法进行亲子鉴定或对方拒绝进行亲子鉴定，也不必过于担心，因为法律上还有其他多种认定父子关系的方式。您可以积极收集并保存各种可能证明父子关系的证据材料，如出生证明、户口本、共同生活的照片和视频、证人证言等，以便在必要时向法院提供。如果您在此过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。