申请调查的撤诉费用，一般情况下由原告承担，但存在特殊情形时，费用承担者可能会有所不同。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的费用承担
- 原告承担：
- 在大多数情况下，撤诉是原告的诉讼行为，该行为导致诉讼程序终结。因此，撤诉费用通常由原告自行承担，且案件受理费会减半收取。这是基于公平原则和诉讼程序的一般规则。
二、特殊情形下的费用承担
因法院原因撤诉：
- 如果撤诉是由于法院方面原因，如超期未审结等，经法院审查准许撤诉后，可能会根据具体情况确定由谁承担撤诉费用。这种情况下，费用承担者可能并非原告。
因被告行为撤诉：
- 如果撤诉是由于被告的行为所致，例如被告在诉讼中承认了原告的诉求，或者被告改变了其原先的行为导致原告撤诉，那么法院有可能裁定由被告承担部分或全部撤诉费用。
双方和解后撤诉：
- 在某些特殊场合，如双方当事人达成和解协议后原告撤诉，此时双方可以协商确定撤诉费用的承担方式。这种情况下，费用承担者会根据双方的协商结果来确定。
合同中有特别约定：
- 如果合同中有关于诉讼费用承担的合法约定，那么撤诉费用的承担方式也会依照合同中的约定来执行。
三、法律依据与司法实践
- 根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，民事案件的原告或者上诉人申请撤诉，人民法院裁定准许的，案件受理费由原告或者上诉人负担。但在司法实践中，也存在上述特殊情形导致费用承担者有所不同的情况。
四、建议与注意事项
- 在申请撤诉前，原告应充分考虑撤诉可能带来的费用承担问题，并做好相应的准备。
- 如果存在特殊情形可能导致费用承担者发生变化，原告应及时与法院沟通并提交相关证据。
- 对于合同中有特别约定的情况，双方应严格按照合同中的约定来执行撤诉费用的承担方式。
举例说明：假设在一个民事合同纠纷案件中，原告起诉被告后，由于双方达成了和解协议，原告决定撤诉。在这种情况下，双方可以协商确定撤诉费用的承担方式。如果协商结果是由被告承担部分或全部撤诉费用，那么这一约定将具有法律效力。
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