核心结论：出现已归还几千元借款但征信记录有5万元法院起诉记录的情况，可能是信息录入错误、存在其他未了结债务、身份被盗用或者存在恶意诉讼等原因导致，下面为你详细分析。

1. 信息录入错误
   • 法院方面：法院在录入案件信息时，可能由于工作人员疏忽，将案件金额、当事人信息等录入错误。比如，原本是几千元的借款纠纷，却错误地录入了5万元的金额。这种情况下，你可以向作出该起诉记录的法院提出书面异议，要求法院核实并更正相关信息。法院在收到异议后，会进行调查核实，如果确认是录入错误，会及时更正征信记录。
   • 征信机构方面：征信机构在收集和整理法院起诉信息时，也可能出现错误。例如，从法院获取数据过程中出现传输错误，导致征信记录显示错误。你可以向征信机构提出异议申请，按照征信机构的要求提供相关证明材料，如还款凭证、法院的更正通知等，征信机构会在规定时间内进行核查并处理。
2. 存在其他未了结债务
   • 多笔债务混淆：你可能除了这笔已经归还的几千元借款外，还有其他未归还的债务，且金额累计达到了5万元左右。债权人可能将多笔债务合并起诉，导致征信记录显示5万元的起诉金额。你需要仔细梳理自己的债务情况，查看是否有其他借款未还清。如果有，应尽快与债权人协商还款事宜，解决债务问题后，要求债权人向法院申请撤销起诉或者更新还款信息，进而更新征信记录。
   • 利息和费用计算：在一些借款合同中，除了本金外，还可能包含高额的利息、违约金等费用。如果借款时约定的利息和费用较高，加上本金后可能达到5万元。你需要查看借款合同中的相关条款，确认利息和费用的计算方式是否合法合规。如果认为利息和费用过高，可以依据相关法律规定，与债权人协商降低利息和费用，或者通过法律途径解决。
3. 身份被盗用
   • 他人冒用身份借款：有可能有不法分子冒用你的身份进行借款，导致你莫名背上债务并被起诉。这种情况下，你需要及时向公安机关报案，提供相关证据证明自己身份被盗用，如身份证丢失证明、报案回执等。同时，向法院和征信机构说明情况，要求停止以你的名义进行的诉讼和征信记录的更新。法院和征信机构在核实情况后，会采取相应措施纠正错误。
4. 恶意诉讼
   • 债权人恶意起诉：存在个别债权人为了达到某种不正当目的，如恶意逼迫你还款、获取不当利益等，故意虚增借款金额进行起诉。如果你认为存在恶意诉讼的情况，可以收集相关证据，如借款时的真实交易记录、沟通记录等，向法院提出反诉或者申请撤销该起诉。法院会根据证据情况进行审理，如果确认是恶意诉讼，会依法驳回起诉并追究相关责任人的法律责任。

建议：你可以先自行收集相关证据，如还款凭证、借款合同等，然后按照上述不同情况，分别向法院、征信机构等提出异议或采取相应法律措施。如果在这个过程中遇到困难或者不清楚如何操作，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律指导。