在交通事故中，如果您被认定为次要责任方，并且您的车辆已经投保了商业险，那么保险公司的赔偿流程和方式通常如下：

一、交强险赔偿

首先，交强险（机动车交通事故责任强制保险）会在其责任限额内进行赔偿。交强险的赔偿是不分责任比例的，只要您有责任，交强险就会在以下限额内进行赔偿：

• 财产损失赔偿限额：一般为2000元。
• 医疗费用赔偿限额：一般为18000元。
• 伤残赔偿限额：一般为180000元。

如果事故造成了对方的人身伤亡或财产损失，交强险会首先在这些限额内进行赔付。

二、商业险赔偿

如果交强险的赔付不足以覆盖对方的全部损失，那么超出交强险赔付范围的部分，将由您的商业险（如商业第三者责任险）根据责任比例进行赔偿。由于您被认定为次要责任方，赔偿比例通常为30%左右，但具体比例还需根据您的保险合同约定来确定。

举例说明：

假设事故造成对方10万元的损失，交强险在财产损失赔偿限额内赔付了2000元后，还剩下9.8万元的损失未得到赔偿。如果您的商业险合同约定次要责任赔偿比例为30%，那么商业险将赔偿9.8万元 × 30% = 2.94万元。

三、理赔流程与注意事项

1. 及时报案：事故发生后，您应及时向保险公司报案，并提供事故相关证明材料，如事故责任认定书、医疗票据、维修发票等。

2. 配合调查：保险公司会安排定损员对车辆或财产进行定损，确定维修费用或损失金额。您需要配合保险公司的调查和理赔流程。

3. 审核理赔：保险公司会依据合同条款和实际损失进行审核理赔，确保赔偿合理、合规。

4. 异议处理：如果您对赔偿结果有异议，可以与保险公司协商解决。协商不成的，您还可以通过法律途径来维护自己的权益。

四、总结与建议

在交通事故中负次要责任时，保险公司会先通过交强险进行赔偿，不足部分再由商业险根据责任比例进行赔偿。为了确保理赔的顺利进行，建议您及时报案、保留好相关证据、并配合保险公司的调查和理赔流程。同时，仔细阅读保险合同条款，了解自己的权益和义务，以便在需要时能够有效地维护自己的利益。