针对您提出的“保险公司怎么赔偿被撞坏的农用电动三轮车”这一问题，我将为您详细解答。

首先，需要明确的是，农用电动三轮车在购买了交强险和商业险后，若发生碰撞事故导致车辆损坏，其赔偿流程主要遵循以下原则：

一、交强险赔偿

交强险是强制购买的险种，旨在保障交通事故中第三方的人身伤亡和财产损失。对于农用电动三轮车的财产损失，交强险会首先赔付2000元。这一部分赔偿是固定的，旨在在一定程度上减轻事故方的经济负担。

二、商业三者险赔偿

超出交强险赔偿范围的部分，将由商业三者险进行赔付。商业三者险的赔偿限额根据车主的选择和合同约定来确定，如5万、10万、20万等。在赔付时，保险公司会根据事故责任比例和合同约定的赔偿限额来承担超出交强险部分的损失。

三、特殊情况下的拒赔或部分拒赔

然而，如果农用电动三轮车的驾驶员出现无证驾驶、酒驾等违法违规行为，保险公司基于保险合同中的免责条款，有权拒绝赔偿或部分拒绝赔偿。这是为了防止驾驶员的违法行为给保险公司带来更大的风险。

四、理赔流程与注意事项

1. 及时报案：事故发生后，驾驶员应及时向保险公司报案，并配合保险公司进行定损等工作。这是确保自身合法权益能够得到合理保障的重要步骤。

2. 定损与维修：保险公司会安排定损员对受损车辆进行定损，确定维修费用和更换部件的费用。车主应按照定损结果进行维修，并保留好相关维修发票和单据。

3. 提交理赔材料：车主需要向保险公司提交理赔材料，包括事故认定书、定损报告、维修发票等。这些材料是保险公司审核理赔申请的重要依据。

4. 等待理赔结果：保险公司会在收到理赔材料后进行审核，并根据审核结果进行赔付。车主需要耐心等待理赔结果，并保持与保险公司的沟通。

五、其他注意事项

• 在理赔过程中，如果对定损金额存在异议，车主可以与保险公司进行协商，或者寻求第三方评估机构的帮助来确定合理的维修费用。
• 如果农用电动三轮车并非全责，涉及多方责任划分时，保险公司会根据事故责任比例来确定赔偿比例。车主需要了解并接受这一原则。

综上所述，保险公司对被撞坏的农用电动三轮车的赔偿主要遵循交强险和商业三者险的赔偿原则，并考虑驾驶员的违法违规行为对赔偿的影响。车主在理赔过程中应遵守相关流程和注意事项，以确保自身合法权益得到合理保障。