针对您提出的“车辆超限被罚，运输公司缴纳罚款，车主不承担罚款的法律依据”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、法律依据概述
车辆超限被罚的法律依据主要来源于《中华人民共和国公路法》、《公路安全保护条例》、《超限运输车辆行驶公路管理规定》以及《中华人民共和国道路交通安全法》等法律法规。这些法规共同构成了对超限运输行为的法律约束和处罚体系。
二、超限运输的处罚对象与责任
根据交通运输部等五部委联合下发的《关于进一步做好货车非法改装和超限超载治理工作的意见》（交公路发〔2016〕124号）文件，明确提出了“一超四罚”的工作要求。这里的“一超四罚”指的是对超限超载行为的四个责任主体进行处罚，包括：
运输车辆：对一年内存在多次超限超载行为的道路运输车辆，由道路运政部门吊销该车辆所属道路运输企业的《道路运输经营许可证》。
驾驶人：对一年内存在多次超限超载行为的道路运输从业人员，由运政部门责令停止道路经营性运输行为，并可能给予记分处罚、降级、继续教育等处理。
货运企业：对一年内本企业超限运输车辆超过总数的10%的货运企业，停业整顿，情节严重的，吊销该企业《道路运输经营许可证》。
承运人（源头企业）：对存在超限超载行为的货运源头单位给予罚款处罚。
三、车主不承担罚款的法律依据
在超限运输的处罚中，车主是否承担罚款取决于其是否被认定为上述四个责任主体之一。如果车主仅仅是车辆的所有人，而并非运输车辆的实际运营者、驾驶人、货运企业或承运人（源头企业），那么车主通常不会被直接处罚。具体来说：
如果运输公司是车辆的实际运营者，并且因超限运输被处罚，那么罚款应由运输公司承担，因为运输公司是超限运输行为的直接责任主体。
如果车主与运输公司之间有明确的合同约定，比如车主将车辆租赁给运输公司使用，并在合同中约定了超限运输的责任承担方式，那么应按照合同约定来处理。
如果车主没有参与超限运输行为，且不是运输车辆的实际运营者、驾驶人、货运企业或承运人（源头企业），那么车主通常不会被要求承担罚款。
四、建议与注意事项
车主应明确自身责任：在车辆运营过程中，车主应明确自己与运输公司、驾驶人等之间的责任划分，避免因责任不清而导致不必要的法律纠纷。
运输公司应严格遵守法规：运输公司作为车辆的实际运营者，应严格遵守相关法律法规，确保车辆装载符合规定，避免超限运输行为的发生。
及时处理超限运输问题：一旦发生超限运输行为，相关责任主体应及时处理，包括消除违法状态、接受处罚等，以避免问题进一步恶化。
综上所述，车主不承担超限运输罚款的法律依据主要在于其是否被认定为超限运输行为的直接责任主体。如果车主并非直接责任主体，且没有参与超限运输行为，那么通常不会被要求承担罚款。