当合同条款与备注项发生冲突时，这是一个涉及合同解释和效力判定的问题，需要我们从多个角度进行细致分析。

首先，我们要明确的是，合同内容是双方达成一致意见的主要体现，它包含了合同的核心条款和双方的主要权利义务。而备注项，通常是对合同主要内容的补充、说明或者提出的特殊约定。在一般情况下，如果合同条款与备注项存在冲突，我们会倾向于以合同内容为准，因为它的法律效力更高，是双方经过协商确定下来的核心部分。

然而，这并不是绝对的。如果备注项的形成时间晚于合同正文，并且备注内容清晰明确地变更了原合同条款，那么在这种情况下，我们可以视备注项为双方对原合同条款的变更。这是基于当事人意思自治的原则，即双方通过后续的行为（如手写备注）表达了新的合意。例如，如果合同正文明确规定了某个时间点为交付时间，但后续的手写备注变更了这个时间点，并且这个变更得到了双方的认可，那么我们就应该以备注项为准。

另外，我们还需要考虑冲突条款的具体内容及目的。如果备注项仅为补充说明合同相关事宜，并未实质性改变合同的核心权利义务，且与合同正文不产生根本性冲突，那么我们可以结合整体合同目的进行综合考量，以确定双方的真实意图。在这种情况下，备注项可能并不会对合同的整体效力产生太大影响。

最后，为了准确判断应以何者为准来确定双方的权利义务关系，我们还需要全面、细致地分析各方面因素。这包括但不限于合同的形成时间、双方的意思表示、合同的目的和性质等。如果可能的话，我们还可以寻求专业的法律意见，以确保我们的判断准确无误。

综上所述，当合同条款与备注项发生冲突时，我们应首先审查合同关于此类冲突的约定；若无明确规定，则需根据具体情况判断，包括备注项的形成时间、内容变更情况以及合同的整体目的等。在做出判断时，我们应保持谨慎和客观的态度，以确保双方的权益得到妥善保护。