结论：案件未查清楚的情况下，将未成年人关押两小时是否违法，需根据具体情况判断，但一般情况下可能涉及违法，尤其是若关押行为缺乏合法依据或程序不当。以下从多个角度进行分析：
一、关押行为的合法性基础
法律依据：
- 根据我国法律，对任何公民的关押（包括拘留、逮捕等强制措施）都必须有明确的法律依据，并遵循法定程序。对于未成年人，法律更是给予了特殊的保护，如《中华人民共和国未成年人保护法》等。
- 若关押行为缺乏明确的法律依据，如没有合法的逮捕令、拘留证等，则该行为很可能构成违法。
程序要求：
- 即使有关押的法律依据，也必须严格遵循法定程序。例如，对未成年人的关押，应当通知其监护人，并在关押过程中保障其合法权益。
- 若关押过程中未遵循法定程序，如未通知监护人、未保障未成年人的基本生活需求等，则该行为也可能构成违法。
二、关押两小时的具体情况分析
关押原因与必要性：
- 若关押是因为未成年人涉嫌犯罪，且有必要进行短暂的询问或调查，且该关押行为符合法律规定的程序和要求，则可能不构成违法。但即便如此，也应尽量缩短关押时间，并保障未成年人的合法权益。
- 若关押行为缺乏合理的必要性，如仅因怀疑或误解而关押未成年人，则该行为很可能构成违法。
关押过程中的待遇：
- 在关押过程中，必须保障未成年人的基本生活需求，如提供食物、水、必要的医疗照顾等。
- 若关押过程中对未成年人进行了虐待、体罚或其他不人道待遇，则该行为不仅构成违法，还可能涉及犯罪。
三、可能的法律后果
行政责任：
- 若关押行为违反了行政法规或规章，相关责任人员可能面临行政处罚，如警告、罚款、记过等。
刑事责任：
- 若关押行为构成了非法拘禁罪或其他犯罪，相关责任人员可能面临刑事处罚，如有期徒刑、拘役等。
民事责任：
- 若关押行为给未成年人造成了损害，如身体伤害、精神损害等，相关责任人员还可能面临民事赔偿责任。
四、建议与措施
立即释放：
- 若发现未成年人被非法关押，应立即要求释放，并保障其安全。
收集证据：
- 收集关押过程中的相关证据，如监控录像、证人证言等，以备后续维权之用。
寻求法律帮助：
- 若认为关押行为违法或侵犯了未成年人的合法权益，可以寻求法律帮助，如向公安机关报案、向法院提起诉讼等。
总结：案件未查清楚的情况下，将未成年人关押两小时是否违法，需根据关押行为的合法性基础、具体情况、可能的法律后果以及建议与措施等多个角度进行综合判断。若您或您身边的未成年人遭遇了类似情况，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。