针对您提出的“违规转让建筑合同怎么处理”这一问题，我将结合相关法律法规和实际操作，为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，以违章建筑为标的物的转让合同，一般认定为无效。这是因为违章建筑本身违反了《城乡规划法》等相关法律法规的强制性规定，其存在就是不合法的。基于这样的违法标的物签订的转让合同，自然也违背了法律的强制性要求，因此通常被视为无效合同。
接下来，我们探讨合同无效后的处理方式：
返还财产：
- 受让方应将所取得的违章建筑返还给出卖人。这是合同无效后的基本处理原则，即恢复原状。
- 出卖人应返还买受人支付的转让价款。如果买受人已经对违章建筑进行了部分装修或改造，且这些装修或改造增加了建筑物的价值，出卖人在返还价款时可以适当扣除相应的费用，但扣除的金额应当以装修或改造的实际价值为限。
赔偿损失：
- 如果双方都有过错，应当各自承担相应的责任。例如，出卖人明知是违章建筑仍进行出售，存在主要过错；买受人在购买时没有尽到合理的审查义务，也存在一定过错。此时，应根据双方的过错程度来确定赔偿责任的比例。
- 赔偿损失的范围包括直接损失和间接损失。直接损失如买受人因购买违章建筑支付的税费、中介费等；间接损失如买受人因合同无效而错过的其他投资机会所造成的损失（需有证据证明该损失与合同无效之间存在因果关系）。
收缴非法所得：
- 在某些情况下，法院可能会根据案件的具体情况，将出卖人因转让违章建筑所获得的非法所得予以收缴。这是为了惩罚出卖人的违法行为，防止其通过非法行为获利。
此外，我还想提醒您的是，如果在一审法庭辩论终结前，出卖人能够补办规划审批手续，使原本违法的建筑物变为合法建筑，那么该转让合同可以认定为有效。但这需要出卖人积极采取行动，并符合相关法律法规的要求。
综上所述，违规转让建筑合同的处理方式主要包括返还财产、赔偿损失和收缴非法所得等。在处理此类问题时，建议您咨询专业的法律人士，以确保您的权益得到妥善保护。