借款协议中公司盖章与总经理签字的位置，从法律效力的角度来说，并不是绝对重要的，但它们的形式和真实性对协议的效力有着至关重要的影响。以下从不同角度为您详细分析：
法律效力与形式要求：
- 借款协议作为合同的一种，其法律效力主要取决于协议的内容是否合法、双方意思表示是否真实以及是否符合法律规定的合同形式要求。公司盖章和总经理签字是证明协议真实性和双方合意的重要方式，但法律并未严格规定盖章和签字的具体位置。
- 关键在于盖章和签字必须真实反映了公司的意愿和总经理的授权，而非位置本身。只要盖章和签字是真实的，且协议内容合法，无论它们位于协议的哪个位置，通常都不会影响协议的效力。
实际操作与风险防范：
- 尽管位置不是决定性的，但在实际操作中，为了规范和便于管理，公司通常会规定盖章和签字的具体位置，如协议末尾的签字盖章处。这有助于确保协议的整洁性和一致性，减少因形式问题引发的纠纷。
- 如果盖章或签字位置异常，如出现在协议的非关键部分或空白处，可能会引发对协议真实性的质疑，尤其是在发生纠纷时。因此，从风险防范的角度来看，遵循公司规定的盖章和签字位置是更为稳妥的做法。
特殊情况下的考虑：
- 在某些特殊情况下，如协议涉及多方主体或复杂条款时，盖章和签字的位置可能会成为判断各方责任和义务的重要依据。但这种情况相对较少，且通常需要结合协议的具体内容和相关法律规定进行综合分析。
法律建议：
- 在签订借款协议时，应确保公司盖章和总经理签字真实有效，并尽量遵循公司规定的盖章和签字位置。
- 如果对盖章和签字的位置有疑问或担忧，可以在协议中明确约定盖章和签字的位置要求，或者咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 无论盖章和签字位于何处，都应确保协议内容合法、明确，并妥善保管协议原件以备不时之需。
可能的法律后果：
- 如果因盖章或签字位置不当导致协议真实性受到质疑，可能会引发法律纠纷，甚至导致协议被认定为无效。
- 在纠纷解决过程中，如果无法证明盖章和签字的真实性或合法性，可能会承担不利的法律后果。
因此，虽然借款协议中公司盖章与总经理签字的位置不是绝对重要的，但为了确保协议的效力和减少潜在风险，建议遵循规范的操作流程并咨询专业律师的意见。如果您在借款协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。