礼让行人违章扣分在手机上处理扣的是违法车辆驾驶员的分。以下是对此问题的详细分析：

一. 扣分处理的对象

根据交通法规，当机动车驾驶员未礼让行人时，违法行为的主体是驾驶员本人。因此，无论是通过手机APP还是前往交警队处理，扣分的对象都是违法车辆的驾驶员。

二. 手机上处理违章的流程

1. 登录账号：首先，车主需要登录交管12123APP或其他相关移动银行应用程序。
2. 确认违章信息：在APP中，车主可以查看到未处理的违法记录，包括违章时间、地点、违章行为以及相应的扣分和罚款信息。
3. 处理并缴款：车主确认违章信息无误后，可以选择处理并缴款。在缴款的同时，系统会自动扣除相应的驾驶证积分。

三. 注意事项

1. 数据比对可能出错：在使用手机APP处理违章时，可能会出现数据比对方面的错误导向。如果遇到此类问题，车主需要自行进行验证和调整。
2. 逾期处理的影响：及时处理违章非常重要，因为逾期可能会影响车辆的年度检验。如果车主对违章处理有任何疑问或担忧，建议直接前往交警队现场处理。

四. 我的建议

我建议车主在处理礼让行人违章扣分时，首先确认自己的违章行为是否属实，并仔细阅读APP上的处理须知。如果车主对手机处理流程不熟悉或有任何疑问，可以选择前往交警队现场处理以确保稳妥。同时，车主应保持良好的驾驶习惯，遵守交通法规，以避免类似的违章行为再次发生。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。